Microbiologie

Les bactéries du genre Bacillus sont bien adaptées à leur environnement normal qu’est le sol. Cela inclut Bacillus anthracis, dont il est question ailleurs dans ce texte (voir chapitre 209). Ces bacilles en forme de bâtonnets, gram positif ou gram variable, aérobies ou facultativement anaérobies, ont des extrémités arrondies ou carrées, forment des endospores, tolèrent des températures et des humidités extrêmes et sont omniprésents. On les trouve dans les sédiments superficiels des lacs et des océans, même en eau profonde. Leur résistance aux conditions de dessiccation et de chaleur a été utilisée pour déterminer l’efficacité des procédures de stérilisation par la chaleur (Bacillus stearothermophilus) et de fumigation (Bacillus subtilis). Pour de nombreux membres du genre Bacillus, une association avec des animaux (soit saprophytes, soit pathogènes) a également été notée. Ces animaux vont des petits insectes aux grands mammifères, y compris les humains.

Les outils génomiques ont remodelé la taxonomie des espèces de Bacillus. Les changements antérieurs comprenaient le déplacement de Bacillus alvei dans le genre Paenibacillus et le placement de Bacillus brevis et de Bacillus laterosporus dans le genre Brevibacillus.1 Les changements plus récents indiquent plus de 56 genres et 545 espèces au total de bactéries aérobies à Gram positif formant des spores, bien que peu d’entre elles puissent causer des maladies humaines.2 Certaines des espèces les plus connues et les plus importantes, Bacillus cereus, B. anthracis, Bacillus thuringiensis, Bacillus pseudomycoides, Bacillus weihenstephanensis et Bacillus mycoides, sont classées collectivement dans le groupe B. cereus en raison de leur étroite similitude3. Le typage génomique et la découverte de nouvelles souches dans différentes niches environnementales et thermiques ont montré une grande divergence des types de souches au sein du groupe B. cereus.4 Une grande partie de cette parenté est liée à l’importante hétérogénéité génétique et enzymatique au sein de l’espèce la plus variée du groupe, B. cereus. En fait, différentes souches au sein d’une espèce du groupe B. cereus peuvent être plus étroitement apparentées à d’autres espèces du groupe qu’à d’autres souches au sein de leur propre espèce.5 Cela ne s’applique pas à B. anthracis, dont les isolats occupent une bande étroite dans la largeur de B. cereus, ce qui suggère que B. anthracis est une espèce plus récente dérivée de B. cereus. Le séquençage détaillé de l’ADN chromosomique montre des distinctions subtiles au sein du groupe et indique un transfert latéral substantiel de gènes, très probablement par l’acquisition de phages stables et intégrés.5 Les espèces de Bacillus moins apparentées qui peuvent être rencontrées moins fréquemment dans le laboratoire de microbiologie clinique humaine sont B. subtilis, Bacillus licheniformis, Bacillus megaterium, Bacillus pumilus et Bacillus sphaericus. Les espèces de Bacillus se développent rapidement entre 25° et 37° C sur les milieux de culture habituels du laboratoire clinique. Par définition, elles ont toutes la capacité de former des spores, mais leur motilité, la morphologie de leurs colonies et leurs besoins nutritionnels varient considérablement. Ce sont des bactéries assez grandes, avec des dimensions allant de 3 par 0,4 à 9 par 2 µm. Bien qu’elles soient généralement gram-positives au début de leur croissance, les anciennes cultures peuvent être gram-variables ou même gram-négatives.6 Dans la plupart des laboratoires cliniques, la tâche la plus urgente est de distinguer B. anthracis des autres espèces de Bacillus. B. anthracis est non hémolytique sur gélose au sang de mouton ou de cheval et non mobile, alors que la plupart des autres isolats cliniques sont mobiles et β-hémolytiques. Des souches de B. anthracis légèrement hémolytiques ont été signalées, et certaines des souches non-anthracis moins fréquemment isolées sont non motiles et non hémolytiques. Pour ces dernières souches, une analyse biochimique détaillée et une recherche de toxines peuvent être nécessaires. Il est peut-être surprenant, mais heureux, que les tests commerciaux permettant de distinguer B. anthracis de ses proches parents soient généralement faciles à réaliser avec des kits commerciaux largement disponibles. Certaines espèces, comme B. sphaericus et Bacillus badius, sont biochimiquement peu réactives et difficiles à identifier à l’aide de kits biochimiques commerciaux. L’identification et la caractérisation des souches individuelles peuvent être effectuées dans des laboratoires de référence à l’aide de divers tests, notamment les antigènes flagellaires, la lysotypie, la chromatographie gaz-liquide et la spectroscopie de masse6

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