参照ゲノム

ヒトとマウスの参照ゲノムは、欧州バイオインフォマティクス研究所、国立生物工学情報センター、サンガー研究所、ワシントン大学マクドネルゲノム研究所など、多くのゲノム研究機関から集まった20人弱の科学者のグループ、ゲノム参照コンソーシアム(GRC)によって維持、改良されています。 GRCは、より少ないギャップを含む新しいアライメントを構築し、配列の誤った表現を修正することにより、参照ゲノムを改善し続けています。

ヒト参照ゲノム編集

ヒト参照ゲノムGRCh38は、2013年12月17日にゲノム参照コンソーシアムからリリースされました。 最初のバージョンでは約15万個のギャップがありましたが、このビルドでは約250個のギャップが含まれています。 GRCh38のアセンブリでは、100以上のギャップが閉鎖または削減された。 ナノポアシーケンスでは、超ロングリードの使用により、GRCh38リファレンスアセンブリの12のギャップが解消されました。 ドナーは1997年3月23日(日)のThe Buffalo Newsに掲載された広告で募集された。 最初の男性10人、女性10人のボランティアは、プロジェクトの遺伝カウンセラーに予約を取り、DNAを抽出した血液を提供するよう招待されました。 DNAサンプルの処理方法の結果、基準ゲノムの約80%が8人から得られ、RP11と指定された男性1人が全体の66%を占めた。 ABO式血液型はヒトによって異なるが、ヒトリファレンスゲノムはO対立遺伝子のみを含み、他は注釈されている)

ヒトリファレンスゲノムは「単一」の異なる配列であるという事実による制限がある。 このため、特に「参考文献」と名付けられています。 その主な目的は、遺伝的特徴のインデックス、またはロケーターとして置かれることです。 1000人ゲノムプロジェクトでは、ヒト集団のゲノムのバリエーションに関する情報を提供するためのデータベースを作成しています。

最近のゲノムアセンブリは以下の通りです。

リリース名 リリース日 相当UCSCバージョン
GRCh38 Dec 2013 hg38
GRCh37 Feb 2009 hg19
NCBI Build 36.0 Dec 2013 hg37 Dec 2009 Feb 2009 Mar 2006 hg18
NCBI Build 35 May 2004 hg17
NCBI Build 34 Jul 2003 hg16

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