バレーフィーバーの診断は、以下の方法で確認できます：

• 感染組織、喀痰または体液試料中の真菌球の顕微鏡的識別
• coccidioides属細菌の培養を行うこと。 組織標本、喀痰または体液からのコクシジオイデス属菌の培養
• 血清または他の体液中の菌に対する抗体（バレーフィーバーに特異的な血清検査）の検出

コクシジオイデス症の診断は、患者が旅行または流行地域での居住を通じてこの病気に曝露したことが判明した場合のみ疑われる。

バレーフィーバーの抗体の血清検査が陽性であれば、検査室は次に力価測定を実施します。

• 力価は、患者が菌に対して作っている抗体の量または濃度の測定値です
• 抗体は、抗原（菌）に反応して患者の免疫系が作り出すタンパク質です
• 抗体は抗原と結合して中和できます

力価は陽性血液を2倍に薄めて得られます（1:4, 1:8, 1:16, 1:32 . …）で陰性になるまで希釈します。 医師に報告される力価は、最後の陽性希釈です。

血清学的な陽性結果は、ほとんど常に患者がバレー熱であることを意味しますが、バレー熱患者の3分の1またはそれ以上が実際には陰性である場合があります。 したがって、血清学的検査を定期的に繰り返す必要があるかもしれません。

バレー熱の皮膚テスト（コクシジオイジンまたはスフェルリン）

は、真菌への過去の曝露を示しますが、反応性は生涯続くので、皮膚テストは現在の感染の診断に特に役立ちません。 2014年7月現在、皮膚テストは再び市販されている。

定期的な胸部X線検査

では、症状がなく、谷熱にかかったことに気づいていない人の谷熱の空洞が普通に検出される。