運河の閘門は、チャグレス川などの水源であるガトゥン湖、アラフエラ湖、ミラフローレス湖からの水の重力流によって作動しています。 閘門自体は長さ、幅、深さが均一で、どちらの方向の船も同時に通過できるように2つ一組で建設された。 各閘門には、幅65フィート（20メートル）、厚さ6.5フィート（2メートル）の2枚の葉があり、蝶番で固定されています。 ゲートの高さは46〜82フィート（14〜25メートル）で、閘門の壁に埋め込まれた電気モーターによって動きます。 ゲートは、閘門を隔てる壁にあるコントロールタワーから操作され、閘室への浸水や排水もコントロールされている。 閘室は長さ1,000フィート（300メートル）、幅110フィート（33メートル）、深さ40フィート（12メートル）です。
Stan Shebs
元の閘門の仕組みが繊細であるため、小さな船だけが補助なしで閘門を通過することが許されているのです。 大型の船は、閘門の壁に取り付けられた歯車で動く電気牽引機関車に導かれ、閘門の中で船の中心を保つ役割を果たしている。 閘門に入る前に、アプローチの壁の間に張られたフェンダーチェーンを通らなければならない。 すべてが順調に進めば、チェーンは水路の底にある溝に落とされます。 万が一、船の速度が速すぎて安全が確保できない場合は、チェーンが張ったままとなり、船がそれにぶつかってしまう。 鎖は壁の中の油圧装置で作動し、船が停止するまで自動解放でゆっくりと引き出される。
2007年に始まった「第3閘門プロジェクト」は、ベルギーのアントワープにあるベレンドレヒト閘門やドイツの運河で使われている節水型水槽にヒントを得たもので、この閘門システムは、閘門と水門の間の水路に設置された水門で、閘門と水門の間の水路は、閘門と水門の間の水路に設置されている。 大西洋側と太平洋側の閘門には、メキシコ産を中心とした約19万トンの鋼材が鉄筋コンクリートで埋め込まれており、新しい閘門は幅33フィート（10メートル）、高さ98フィート（30メートル）、長さ190フィート（58メートル）となっています。 ガトゥン湖から流れる水をコントロールする新しいチャンバーとベースンは、水流の乱れや通過する船舶への障害を最小限に抑えるよう設計されています。 盆地は2016年6月に完成し、20,000トンの構造材からなる158個のバルブが含まれています。 関係者によると、それらの節水型盆地は世界最大であり、水の60％の再利用を促進するとのことです。 既存の閘門が1回の使用で5200万ガロン（1億9700万リットル）を使用するのに対し、新しい閘門では4800万ガロン（1億8200万リットル）を使用します
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