BarcelonaEditar
Valdés debutó con el primer equipo contra el Legia de Varsovia en la tercera ronda de clasificación de la Liga de Campeones de la UEFA el 14 de agosto de 2002. Al principio de la temporada 2002-03, Valdés fue suplente del internacional argentino Roberto Bonano, pero la llegada de Radomir Antić como nuevo entrenador en enero de 2003 hizo que Valdés tuviera oportunidades regulares en el primer equipo.
En la temporada 2003-04, se convirtió en el portero titular, y en la temporada 2004-05, jugó en casi todos los partidos del Barcelona, ayudando a éste a conseguir su primer título de liga en seis años. También ganó el Trofeo Zamora como mejor portero de España esa temporada.
En la temporada 2005-06, Valdés ayudó al Barça a conseguir el doblete continental en Europa. En la final contra el Arsenal, impidió que Thierry Henry rematara dos veces a bocajarro y contribuyó a la victoria de su equipo por 2-1 en el Stade de France. Su labor fue elogiada por el entonces entrenador del Barcelona, Frank Rijkaard. Sin embargo, el título de «zamorano» le fue esquivo, ya que Valdés quedó tercero tras Santiago Cañizares y el ganador, José Manuel Pinto.
El 17 de junio de 2007, en el último partido de la Liga, Valdés igualó un récord de portería que tenía el ex portero del Barcelona Andoni Zubizarreta al ser titular, y no ser nunca sustituido, en los 38 partidos de la temporada de la Liga.
El ex portero internacional paraguayo José Luis Chilavert, febrero de 2012
Valdés estableció el récord del club barcelonista de no encajar un gol en competición europea con la portería a cero ante el Rangers el 7 de noviembre de 2007, lo que le permitió reescribir los libros de récords del Barça tras no encajar un gol durante 466 minutos. Valdés fue batido dos veces por el capitán del Lyon, Juninho, mediante un lanzamiento de falta desde 45 metros y un penalti a última hora en el Stade de Gerland, poniendo fin a su racha. En las temporadas 2006-07 y 2007-08, sin embargo, el Barça no consiguió ganar ningún trofeo importante. El 3 de febrero de 2008, Valdés capitaneó por primera vez al Barcelona en una victoria por 1-0 en casa contra Osasuna. El 1 de abril de 2008, Valdés disputó su partido número 250 con el Barcelona.
El 27 de mayo de 2009, el Barcelona venció al Manchester United por 2-0 en la final de la Liga de Campeones 2009 en el Estadio Olímpico de Roma para completar un triplete sin precedentes de Liga, Liga de Campeones y Copa del Rey. En el partido, Valdés realizó dos paradas a intentos de Cristiano Ronaldo en ambas mitades. En el primer tiempo, salvó un tiro libre de larga distancia, y en el segundo tiempo, salvó el otro de Ronaldo, proveniente de un ángulo cerrado tras un centro bajo del delantero búlgaro Dimitar Berbatov.
El 16 de mayo de 2010, Valdés ganó su cuarto título de liga cuando el Barcelona consiguió el segundo título de liga español consecutivo con el equipo de Pep Guardiola, terminando la temporada con 99 puntos.
El 29 de agosto de 2011, Valdés jugó su partido 410 con el Barcelona e igualó el récord de Andoni Zubizarreta como portero del Barcelona con más partidos.
El ex portero del Real Madrid Bodo Illgner, febrero de 2013
En 2012, Valdés cometió un error de portería contra el Real Madrid en la Supercopa de España que culminó con el gol decisivo de Ángel Di María y redujo la ventaja de dos goles del Barcelona. El Real Madrid pasó a ganar la Supercopa en el partido de vuelta en el Santiago Bernabéu.
El 1 de mayo de 2013, en una semifinal de la Liga de Campeones perdida por 3-0 ante el Bayern de Múnich en el Camp Nou, Valdés cumplió su partido número 100 en la competición, convirtiéndose en el decimoséptimo jugador en hacerlo. Ese mismo mes, Valdés anunció que no renovaría su contrato con el Barcelona, que expiraba al final de la temporada 2013-14. Alegó la presión de representar al club y declaró que había manifestado su deseo de marcharse con la suficiente antelación para que el club encontrara un sustituto.
El 26 de marzo de 2014, en una victoria por 3-0 contra el Celta de Vigo, Valdés se rompió el ligamento cruzado anterior en el minuto 22 del partido y fue sustituido, quedando descartado para el resto de la temporada, lo que puso fin a su carrera en el Barcelona y lo dejó fuera de la Copa Mundial de la FIFA 2014.
Manchester UnitedEditar
En enero de 2014, antes de que concluyera su contrato con el Barcelona, Valdés firmó un precontrato para incorporarse al Mónaco de la Ligue 1 al final de la temporada; sin embargo, la lesión de Valdés hizo que el Mónaco se desentendiera del acuerdo. El 23 de octubre de 2014, el Manchester United ofreció a Valdés la posibilidad de completar su rehabilitación de una lesión de rodilla y de trabajar para recuperar su forma física con el club. Se le ofreció un contrato en enero de 2015, y el 8 de enero firmó un acuerdo de 18 meses, con opción a un año más, como refuerzo de su compatriota David de Gea. Como parte de un paquete de compensación por renunciar a su acuerdo con Valdés, el Mónaco acordó pagar la diferencia entre el salario semanal de 150.000 libras que iba a ganar con ellos y el salario más bajo ofrecido por el Manchester United.
Valdés jugó su primer partido desde su lesión de rodilla el 26 de enero, participando con el equipo sub-21 del United en una victoria por 2-1 en casa contra el Liverpool. Antes del partido, dio una charla al equipo basada en las enseñanzas de su antiguo entrenador Guardiola. Debutó con el primer equipo el 17 de mayo contra el Arsenal en Old Trafford, sustituyendo al lesionado De Gea durante los últimos 16 minutos y encajando un gol en propia puerta de Tyler Blackett para el empate a uno. Una semana más tarde fue titular por primera vez con el equipo en el último partido de la temporada en casa del Hull City, manteniendo la portería a cero en un empate sin goles que relegó al rival.
El 15 de julio de 2015, el entrenador del Manchester United, Louis van Gaal, anunció que Valdés había sido incluido en la lista de transferibles después de que se afirmara que se había negado a jugar en un partido de la reserva. Al mes siguiente, no se le dio un número de plantilla para la próxima temporada. El traspaso al Beşiktaş turco se frustró al no poder acordar las condiciones personales. A pesar de que posteriormente fue nombrado en la plantilla del Manchester United en la Premier League, los informes confirmaron que Valdés sólo fue nombrado para ajustarse a las normas de la Premier League y que no se le ofreció una vuelta.
Standard LiègeEdit
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El 23 de enero de 2016, el Manchester United anunció que Valdés se iría al club belga Standard Liège en un acuerdo de préstamo de seis meses. Debutó una semana después en una victoria por 2-0 en el OH Leuven en la Pro League belga. El 20 de marzo, Valdés ganó la final de la Copa de Bélgica 2016, venciendo al Club Brujas por 2-1. Su cesión se interrumpió el 29 de abril después de que el club decidiera dar la oportunidad a más jugadores de la cantera de participar en los partidos al final de la temporada.
MiddlesbroughEditar
El 7 de julio de 2016, Valdés firmó un contrato de dos años en una transferencia gratuita en el recién llegado a la Premier League, el Middlesbrough, dirigido por su compatriota Aitor Karanka. El 13 de agosto de 2016, Valdés debutó en un empate 1-1 contra el Stoke City. El 22 de octubre de 2016, Valdés mantuvo su primera portería a cero de la temporada en un empate a cero contra el Arsenal. El club entró en la zona de descenso en marzo de 2017 tras perder por 2-0 ante el Stoke City, y Karanka fue despedido ese mismo mes. Valdés, al igual que el también portero Brad Guzan, dejó el club el 1 de julio de 2017. Aunque tenía ofertas de varios clubes de España para prolongar su carrera, Valdés se retiró del fútbol profesional en agosto de 2017; tras permanecer sin club durante la primera mitad de la temporada 2017-18, posteriormente confirmó su retirada oficial en enero de 2018.