Je definována jako proces vytváření hierarchie kategorií vědeckým postupem na základě vlastností organismů a jejich uspořádání do různých skupin.

Potřeba biologické klasifikace:
-Zkoumání a zařazení každého organismu spolu s jeho identifikací a stanovištěm.
-Zjištění vztahů mezi různými organismy a poznání jejich vývoje.

Cíle klasifikace jsou dosti podobné potřebám biologické klasifikace. V zásadě existují tři typy biologické klasifikace, které lze rozdělit na umělou, přirozenou a fylogenetickou.
Co je umělá klasifikace?
Umělá klasifikace používá formu, tvar jako význačné znaky pro seskupování organismů. Živočichové byli také klasifikováni na základě červených krvinek, stanoviště, jako je souš, voda nebo vzduch. Byli také klasifikováni na základě toho, zda létají, nebo nelétají. Tento systém je poměrně snadno sledovatelný.

Umělý systém klasifikace má mnoho nevýhod. Spoléhá pouze na tvar a formu organismů a nebere v úvahu další znaky. Je tedy obtížné pochopit evoluci organismu. Vede k nepochopení jakýchkoli vztahů mezi organismy. Různé typy organismů jsou řazeny do stejných skupin, jako jsou ptáci, hmyz, netopýři, které létají, a jsou seskupeny podle stejných kritérií. Podoba a tvar organismu nejsou stálé a s časem se mění. Například některé rostliny neustále mění svůj tvar v různých ročních obdobích.
Co je to přírodní klasifikační systém?
Zohledňuje více znaků, jako je anatomie, fyziologie, patologie, biochemie, rozmnožování & cytologie, aby bylo možné porovnat organismy a stanovit mezi nimi vztah. Překrývá všechny nevýhody umělého klasifikačního systému. Pomáhá pochopit evoluci organismů tím, že zná vztahy mezi nimi.

Příznaky prováděné v této klasifikaci jsou konstantní. V této klasifikaci jsou ptáci, plazi a savci zařazeni do různých skupin na základě více znaků, jak bylo uvedeno výše. Například lidé mají čtyřkomorové srdce, teplokrevnou povahu a de-jaderné erytrocyty. Ryby mají 2komorové srdce, jsou studenokrevné a dýchají žábrami.

Co je to homologie?
V tomto případě se jedná o vztah mezi strukturami, které lze porovnávat a pocházejí ze stejného zdroje. Pomáhá nám pochopit evoluci orgánu.
Co je to molekulární homologie?
V ní se stanovuje vztah mezi molekulami, jako jsou bílkoviny, RNA, které pocházejí ze stejného zdroje, abychom poznali rozdíly a podobnosti.
Přirozený systém pro klasifikaci navrhl Bentham & Hooker v Genera Plantarum.

Co je fylogenetický systém klasifikace?
Je definován jako vztah založený na evolučním aspektu organismů. Vychází z Darwinovy koncepce přírodního výběru. Vypovídá o původních vztazích mezi organismy. Přední fylogenetický systém klasifikace podal Engler &Prantl. Dělí rostliny na primitivní a moderní typy.
Flogenetický systém se opírá o fosilní záznamy a není statický. Nikdy se nenaplní, protože je obtížné zaznamenávat fosilie, sledovat je a vést jejich evidenci, protože se začínají objevovat nové fosilie. Zoologové a botanici mají na fylogenetický systém klasifikace zcela odlišný nebo protichůdný názor. Zoologové se opírají o strukturní aspekt organismu, který spojují s evolučním aspektem. Botanici se při propojení s evolučním aspektem na strukturní hledisko nespoléhají.
Co je to fenetická klasifikace?
Jedná se o typ fylogenetické klasifikace, která se opírá o podobné a nepodobné znaky přítomné v dnešním organismu, aniž by zahrnovala evoluční a další související aspekty. Závisí na jiných odvětvích taxonomie, jako je cytotaxonomie, chemotaxonomie, numerická a kladistická taxonomie.

Co je cytotaxonomie?
Je definována jako klasifikace, která je založena na cytologických studiích (počet chromozomů, chování meiózy). Pomáhá nám stanovit příbuznost mezi různými organismy na základě těchto znaků, například člověk má 46 chromozomů a opice 48.
Co je to chemotaxonomie?
Je také známá jako biochemická systematika. je definována jako metoda klasifikace, která je založena na chemických složkách (aminokyseliny, krystaly, alkaloidy atd.). Chemické látky jsou obecně statické a specifické.
Co je numerická taxonomie?
Je definována jako statistická metoda založená na počtu uváděných údajů odvozených téměř z každého odvětví biologie. Přiřadí se číslo a později se provede počítačová analýza. K získání výsledků a jejich vyhodnocení je zapotřebí statistik. Grafické zobrazení je zcela běžné.

Co je kladistická taxonomie?
Je definována jako metoda, která je založena na společném původu předků. Dále se dělí na znaky předků a odvozené znaky. Ancestrální znaky jsou ty, které jsou přítomny v celé skupině, zatímco odvozené jsou ty, které se od ancestrálních liší a mohou, ale nemusí být přítomny v celé skupině.
Odvozené znaky nejsou statické, neustále se mění. Vedou k evoluci. Zatímco ancestrální znaky jsou neměnné.
Co je kladogram?
Je to fylogenetický strom, ve kterém jsou organismy uspořádány na základě svých znaků (odvozených nebo ancestrálních).
Organismy jsou zařazeny do různých říší na základě klasifikačního systému.

Kladogram se skládá ze dvou částí.