Struktura portorické vlády je podobná té americké, má výkonnou, zákonodárnou a soudní moc. Ostrov má guvernéra a rezidentního komisaře, který má nehlasovací mandát ve Sněmovně reprezentantů USA. Guvernér, 28členný Senát a 54členná Sněmovna reprezentantů jsou voleni lidově na 4 roky. Členy Nejvyššího soudu a nižších soudů jmenuje guvernér se souhlasem Senátu.

Čtyři hlavní politické strany se liší především v názorech na to, zda by Portoriko mělo změnit svůj vztah ke Spojeným státům. Nová pokroková strana, která je pro státnost, zdůrazňuje, že ostrov je již nyní ekonomicky závislý na Spojených státech, a domnívá se, že vytvořením státu by ostrov získal zastoupení ve Washingtonu. Lidová demokratická strana zdůrazňuje ekonomické pobídky, které ostrov využívá v rámci svého statusu commonwealthu, včetně osvobození od federálních daní a pobídek pro zahraniční investice. Další dvě velké strany, Portorická strana nezávislosti a Portorická socialistická strana, prosazují nezávislost ostrovního státu. Tyto druhé strany jsou mnohem menší a méně významné.

Portorická vláda se výrazně angažuje ve svém hospodářství. Fomento, ostrovní společnost pro hospodářský rozvoj, stimuluje a řídí hospodářský růst. Od 50. let 20. století zahrnuje vládní angažovanost v hospodářských záležitostech operaci Bootstrap, plán na kombinaci místní pracovní síly a zahraničních investic prostřednictvím podpory industrializace založené na vývozu; snahu Fomento podporovat petrochemický průmysl a vyspělé technologie v 60. letech 20. století; a vysoké vládní výdaje na programy sociálního zabezpečení. V roce 1994 vláda vytvořila Radu pro zahraniční obchod s cílem stimulovat zahraniční investice a podpořit vývoz. Rada se zabývala především poskytováním podpory malým podnikům, které měly potenciál vyvážet zboží na zahraniční trhy. Portoriko bylo první ekonomikou na světě, která se industrializovala na základě programu plně závislého na vývozu, a Portoriko se i nadále zaměřuje na exportní ekonomiku, což posiluje jeho image jako ideální lokality pro cestovní ruch a podnikání.

Vzhledem k tomu, že Portoriko nemá oficiální zastoupení ve vládě USA, neplatí portoričtí občané na ostrově federální daně, ačkoli mají americké občanství. Celní daně a spotřební daně z dovozu a vývozu jdou do federální pokladny. Na ostrově také fungují sociální programy podobné těm ve Spojených státech. Dnes více než kdy jindy hraje v portorické ekonomice velkou roli vláda USA, a to prostřednictvím daňových pobídek a výjimek, bezcelního přístupu a mzdových a infrastrukturních pobídek, které motivují velké americké firmy a korporace k investicím do ostrovní ekonomiky. Jako americký commonwealth má Portoriko pod kontrolou pouze své vnitřní záležitosti; federální vláda USA kontroluje veškeré mezistátní a mezinárodní obchodní vztahy. Ostrov nemá vlastní armádu, takže na rozdíl od většiny zemí Latinské Ameriky nemá armáda nad hospodářstvím žádnou kontrolu. Na

Daňový systém ostrova je nezávislý na daňovém systému USA, o způsobu využití daňových příjmů rozhoduje americký zákonodárný sbor.