Předmět
Předmět Poslední večeře byl oblíbenou volbou pro stěny refektářů klášterů a klášterů v Itálii 15. století, kde jeptišky a mniši mohli stolovat v přítomnosti Ježíšovy poslední hostiny. Leonardova verze je přehledně uspořádaná, s Ježíšem uprostřed rozsáhlého stolu a apoštoly po jeho levici a pravici. Ježíš má na sobě tradiční červené a modré roucho a plnovous, ale Leonardo mu nepropůjčil obvyklou svatozář. Někteří badatelé navrhují, že tuto roli plní světlo z okna za ním nebo že naznačené linie frontonu nad oknem vytvářejí iluzi svatozáře. Jiní badatelé tvrdí, že chybějící atribut může také naznačovat, že Ježíš je stále lidskou bytostí, která jako taková bude snášet bolest a utrpení umučení.
Scéna není zastaveným okamžikem, ale spíše zobrazením po sobě jdoucích momentů. Ježíš oznámil svou nadcházející zradu a apoštolové reagují. Filip, který stojí ve skupině po Ježíšově levici, gestikuluje směrem k sobě a jako by říkal: „Jistě ne já, Pane?“. Ježíš jako by odpověděl: „Zradí mě ten, kdo se mnou ponořil ruku do mísy“ (Mt 26,23). Současně Ježíš a Jidáš, který sedí se skupinou po Ježíšově pravici, sahají ke stejné misce na stole mezi nimi, což je čin, který označuje Jidáše za zrádce. Ježíš také gestikuluje směrem k poháru s vínem a kousku chleba, což naznačuje zavedení obřadu svatého přijímání.
Ježíšův klidný postoj se sklopenou hlavou a očima kontrastuje s rozrušením apoštolů. Jejich proměnlivé postoje se zvedají, klesají, prodlužují a proplétají, přičemž zůstávají uspořádáni ve skupinách po třech. Jakub Větší po Kristově levici hněvivě rozhazuje rukama, zatímco nevěřící Tomáš, přikrčený za Jakubem, ukazuje vzhůru a jako by se ptal: „Je to Boží plán?“. Jeho gesto předjímá pozdější setkání se vzkříšeným Kristem, okamžik, který byl v umění často znázorňován tak, že se Tomáš prsty dotýkal Kristových ran po ukřižování, aby potlačil své pochybnosti. Petr, který je identifikován podle nože v ruce, jímž později uřízne ucho vojákovi pokoušejícímu se Ježíše zatknout, se přiblíží k mírnému Janovi, který sedí po Ježíšově pravici a zdá se, že omdlévá. Jidáš, svírající měšec s odměnou za identifikaci Ježíše, se od Petra odvrací, zřejmě znepokojen rychlým jednáním druhého apoštola.
Jídlo se odehrává v téměř strohé místnosti, takže se divák soustředí na akci odehrávající se v popředí. Stěny po obou stranách lemují tmavé tapiserie, zatímco zadní stěně dominují tři okna, která hledí do zvlněné krajiny připomínající milánský venkov. Leonardo znázornil prostor pomocí lineární perspektivy, techniky znovuobjevené v renesanci, která využívá rovnoběžných linií sbíhajících se v jediném mizivém bodě k vytvoření iluze hloubky na rovném povrchu. Mizící bod umístil do Ježíšova pravého chrámu, čímž přitáhl divákovu pozornost k hlavnímu předmětu. Ačkoli se lineární perspektiva jeví jako systematizovaná metoda vytváření iluze prostoru, je komplikovaná tím, že se spoléhá na jediný pozorovací bod. Jakákoli jiná pozice pohledu než pozorovací bod odhaluje mírně zkreslený malovaný prostor. Později vědci zjistili, že pozorovací bod pro Poslední večeři je asi 15 stop (4,57 m) nad zemí. Leonardo pravděpodobně zvolil tuto relativně velkou výšku, protože spodní okraj obrazu je 8 stop (2,44 metru) nad zemí a použití pohledu z podlahy by znamenalo, že by diváci viděli pouze spodní část stolu, nikoliv děj odehrávající se nad ním. V důsledku toho se namalovaný prostor Poslední večeře vždy jeví jako pohledově nesourodý s prostorem refektáře. Je to jeden z mnoha vizuálních paradoxů, které badatelé na obraze pozorovali. Všimli si také, že stůl je příliš velký na to, aby se vešel do zobrazené místnosti, a přitom není dost velký na to, aby se na něj vešlo 13 mužů, alespoň ne podél tří stran, kde jsou umístěni. Výjev, tak zdánlivě jednoduchý a uspořádaný, je záhadným řešením problému vytvoření iluze trojrozměrného prostoru na rovné ploše.
.