Podlahový čisticí systém se navrhuje před stavbou nebo výrobou bazénu v závislosti na jeho vnitřním uspořádání. Skládá se z řady hlavic, které se vysunou do podlahy a schodů bazénu.
Jejich účelem je nahnat nečistoty a zbytky k podlahovému vypouštěcímu místu, které se obvykle nachází v hluboké části bazénu. Jakmile jsou nečistoty z vypouštěcího bodu odvedeny čerpadlem, obvykle přejdou do filtračního systému, kde se zachytí.
U listnatých bazénů existuje další primární sítový bod, který zachytí těžké listí před filtračním systémem, čímž se uvolní skimmer box a umožní odplavení listí z hladiny bazénu. Každý systém musí být navržen individuálně, protože každý bazén má obvykle jiný tvar a velikost. Tento systém také pomáhá při distribuci chemikálií a cirkulaci tepla v celém bazénu. Některé systémy se spoléhají pouze na pohon filtračního čerpadla, jiné vyžadují samostatné čerpadlo pro provoz čisticího systému
.