Referenční genom

Referenční genomy člověka a myši udržuje a vylepšuje Genome Reference Consortium (GRC), skupina méně než 20 vědců z řady ústavů zabývajících se výzkumem genomu, včetně Evropského bioinformatického institutu, Národního centra pro biotechnologické informace, Sangerova institutu a McDonnellova genomového institutu na Washingtonově univerzitě v St. Louis. GRC pokračuje ve vylepšování referenčních genomů vytvářením nových zarovnání, která obsahují méně mezer, a opravováním chyb v sekvenci.

Lidský referenční genomEdit

Lidský referenční genom GRCh38 byl vydán konsorciem Genome Reference Consortium 17. prosince 2013. Toto sestavení obsahovalo přibližně 250 mezer, zatímco první verze měla zhruba 150 000 mezer. V sestavě GRCh38 došlo k uzavření nebo zmenšení více než 100 mezer. Díky nanoporovému sekvenování bylo v referenční sestavě GRCh38 uzavřeno 12 mezer díky použití ultra dlouhých čtení.

Lidský referenční genom pochází od třinácti anonymních dobrovolníků z Buffala ve státě New York. Dárci byli získáni na základě inzerátu v novinách The Buffalo News v neděli 23. března 1997. Prvních deset dobrovolníků mužského a deset ženského pohlaví bylo vyzváno, aby si domluvili schůzku s genetickými poradci projektu a darovali krev, ze které byla extrahována DNA. V důsledku toho, jak byly vzorky DNA zpracovány, pocházelo přibližně 80 procent referenčního genomu od osmi osob a na jednoho muže, označeného RP11, připadá 66 procent z celkového počtu. Systém krevních skupin ABO se u lidí liší, ale lidský referenční genom obsahuje pouze alelu O, ačkoli ostatní jsou anotovány).

U lidského referenčního genomu existují omezení vyplývající ze skutečnosti, že se jedná o „jedinou“ odlišnou sekvenci. Z tohoto důvodu je výslovně pojmenován jako „referenční“. Hlavním účelem, k němuž je určen, je index neboli lokátor genetických znaků. Projekt 1000 genomů vytváří databázi, která má poskytovat informace o rozdílech v genomech napříč lidskou populací.

Nejnovější sestavy genomů jsou následující:

.

Název verze Datum vydání Ekvivalentní verze UCSC
GRCh38 Prosinec 2013 hg38
GRCh37 Únor 2009 hg19
NCBI Build 36.1 březen 2006 hg18
NCBI Build 35 květen 2004 hg17
NCBI Build 34 červenec 2003 hg16

.

Napsat komentář

Vaše e-mailová adresa nebude zveřejněna.