Årsagerne til alopecia areata er komplekse og ikke velforståede. En kombination af faktorer ligger sandsynligvis til grund for lidelsen, herunder ændringer i mange gener, der fungerer i håret og huden og i immunsystemet.

Alopecia areata er en af en stor gruppe sygdomme i immunsystemet, der klassificeres som autoimmune lidelser. Normalt beskytter immunsystemet kroppen mod fremmede angribere, såsom bakterier og vira, ved at genkende og angribe disse angribere og fjerne dem fra kroppen. Ved autoimmune sygdomme fungerer immunforsvaret dårligt og angriber i stedet kroppens eget væv. Af uklare årsager er immunforsvaret ved alopecia areata rettet mod hårsækkene og stopper hårvæksten. Tilstanden beskadiger dog ikke folliklerne permanent, hvorfor håret senere kan vokse ud igen.

Mange af de gener, der er blevet associeret med alopecia areata, deltager i kroppens immunforsvar. Disse omfatter flere gener, der tilhører en genfamilie kaldet det humane leukocytantigen (HLA) kompleks. HLA-komplekset hjælper immunsystemet med at skelne kroppens egne proteiner fra proteiner, der er fremstillet af fremmede angribere. Hvert HLA-gen har mange forskellige variationer, hvilket gør det muligt for den enkelte persons immunsystem at reagere på en lang række fremmede proteiner. Visse variationer i HLA-generne bidrager sandsynligvis til den uhensigtsmæssige immunreaktion, der er rettet mod hårsækkene, og som fører til alopecia areata. Immunsystemgener uden for HLA-komplekset, f.eks. flere gener, der er involveret i inflammation, er også blevet forbundet med alopecia areata.

Nogle af de genetiske variationer, der er forbundet med alopecia areata, er blevet identificeret hos personer med andre autoimmune sygdomme, hvilket tyder på, at denne gruppe af sygdomme kan dele nogle genetiske risikofaktorer. Personer med alopecia areata har en øget risiko for at udvikle andre autoimmune sygdomme, herunder vitiligo, systemisk lupus erythematosus, atopisk dermatitis, allergisk astma og autoimmune sygdomme i skjoldbruskkirtlen (såsom Hashimoto thyroiditis og Graves sygdom). På samme måde har personer med disse autoimmune sygdomme en øget risiko for at udvikle alopecia areata.

I mange tilfælde er det ukendt, hvad der udløser hårtab hos personer med alopecia areata. Det er muligt, at miljømæssige faktorer, såsom følelsesmæssig stress, fysisk skade eller sygdom, fremkalder et unormalt immunrespons hos personer, der er i risiko. Hos de fleste ramte personer har indtræden af hårtab imidlertid ingen klar forklaring.