Hæren overdrog Alcatraz til det civile Bureau of Prisons (BOP) i 1934. BOP omdannede hurtigt det aldrende militærfængsel til en topmoderne civil fængselsanstalt med maksimal sikkerhed. Alcatraz skulle snart blive det mest berømte føderale fængsel i USA’s historie.
Alcatraz blev designet til at fungere som USA’s første fængsel med maksimal sikkerhed og minimumsprivilegier, det, der i dag betegnes som en “super max”-institution. Fra 1934 til 1963 husede Alcatraz nogle af USA’s mest berygtede lovovertrædere, flugtkunstnere, bandeledere og generelle ballademagere. De blev tilbageholdt under de mest sikre og strenge forhold i et praktisk talt flugtsikkert miljø på en klippeø midt i San Francisco-bugten. For de mænd, der blev sendt dertil, var Alcatraz enden af rækken.
Alcatraz blev undertiden kaldt “fængslet inden for fængselssystemet”, da de eneste indsatte, der blev sendt dertil, blev overført fra andre føderale fængsler. Domstolene kunne ikke dømme nogen til Alcatraz. I stedet var “The Rock” det sted, hvor BOP sendte sine mest besværlige fanger hen, indtil det blev besluttet, at de kunne sendes sikkert tilbage til en institution med lavere sikkerhed. Et gennemsnitligt ophold var på fem år.
I den periode, hvor det føderale fængsel var i drift, var 36 fanger involveret i 14 separate flugtforsøg. Treogtyve mænd blev fanget, seks blev skudt og dræbt, og to druknede. Fem fanger forsvandt og blev aldrig set igen, men de overvældende chancer er, at de druknede, og at deres lig aldrig blev fundet.
I begyndelsen af 1963 beordrede justitsminister Robert Kennedy lukning af Alcatraz-fangelejren med henvisning til stigende vedligeholdelses- og driftsomkostninger. De sidste fanger blev fjernet fra øen den 21. marts 1963. Da øen blev lukket, blev den erstattet af et nyt forbundsfængsel med maksimal sikkerhed i Marion, Illinois.
I dag ligger regeringens “super max”-institution i Florence, Colorado. Dens uofficielle kælenavn er “Alcatraz of the Rockies.”
For flere oplysninger om U.S. Penitentiary on Alcatraz gå til det officielle Bureau of Prisons hjemmeside på BOP Alcatraz history.