Borgerkrigen gjorde en ende på plantageøkonomien, og Sapelo blev hjemsted for et stort afroamerikansk samfund i genopbygnings- og efterkrigstiden. William Hillery Company, et partnerskab af frigivne mænd, købte jord ved Raccoon Bluff allerede i 1871. Efterhånden købte mange af de tidligere slaver jord på Sapelo og etablerede permanente bosættelser, herunder Hog Hammock, Raccoon Bluff, Shell Hammock, Belle Marsh og Lumber Landing. Den første afrikanske baptistkirke blev oprettet i 1866 i Hanging Bull og flyttede til sidst til Raccoon Bluff, hvor der også blev oprettet en sort skole. De sorte på Sapelo beskæftigede sig med subsistenslandbrug, skovhugst og østershøst i Duplin-flodens flodmunding. Det meste af Sapelo blev solgt af Spaldings efterkommere efter borgerkrigen.

I 1912 konsoliderede bilingeniøren Howard E. Coffin (1873-1937) fra Detroit de forskellige besiddelser på Sapelo og købte hele øen, bortset fra de sorte samfund, for 150.000 dollars. Coffin ejede Sapelo i toogtyve år. Han ombyggede palæet i den sydlige ende til et af de mest paladsagtige hjem på kysten fra 1922-25. Det var et tabby-stucco-byggeri, der oprindeligt blev bygget af Spalding i 1810. Coffin beskæftigede sig med landbrug i stor skala, savværk og høst af fisk og skaldyr. Han byggede også veje, borede artesiske brønde og tilføjede andre forbedringer til øen. Mange fremtrædende gæster var gæster hos Coffins på Sapelo, herunder to præsidenter, Calvin Coolidge (1928) og Herbert Hoover (1932), og flyveren Charles A. Lindbergh (1929). I denne periode etablerede Coffin og hans unge fætter, Alfred W. Jones, feriestedet Cloister på den nærliggende Sea Island.

I 1934 solgte Coffin på grund af økonomiske tilbageslag som følge af depressionen Sapelo til tobaksarvingen Richard J. Reynolds, Jr. fra North Carolina. (1906-1964). Reynolds benyttede øen som en deltidsbolig i tredive år. Reynolds’ vigtigste bidrag var hans oprettelse af Sapelo Island Research Foundation og tilvejebringelse af faciliteter og anden støtte til University of Georgia Marine Institute, der blev startet i 1953. Reynolds’ enke, Annemarie Schmidt Reynolds, solgte Sapelo til staten Georgia i to separate transaktioner i 1969 og 1976, hvor det sidste salg resulterede i oprettelsen af Sapelo Island National Estuarine Research Reserve, et statsligt-føderalt partnerskab mellem Georgia Department of Natural Resources og National Oceanic and Atmospheric Administration.