Nilfloden anses for at være Egyptens livsnerve. Uden Nilen ville en stor del af Egypten ikke være levedygtigt. Floden er hjemsted for mange arter af vandlevende dyr og understøtter også hundredvis af andre landlevende arter, der lever langs dens bredder. Mange af de dyr, der lever i og omkring Nilen, er frygtet og æret af de lokale beboere. De gamle egyptere tilbad endda nogle af dem. Nogle af Nilens mest kendte dyreliv er nævnt nedenfor.

Nilkrokodille

Crocodylus niloticus eller nilkrokodillen er en af de mest frygtede og ærbødige beboere i Nil-floden. Den er det næststørste uddøende krybdyr i verden efter saltvandskrokodillen. Denne art findes i store dele af Afrika syd for Sahara og lever i søer, floder og endda i sumpområder. Lejlighedsvis er nilkrokodillen blevet fundet i saltvandsmiljøer som brakvandssøer og deltaer, men generelt er den en ferskvandsart. En nilkrokodillehane har en længde på mellem 3,5 og 5 m, mens hunnerne er ca. 30 % mindre end hannerne. Nil-krokodiller er frygtet for deres aggressive natur. De er de største rovdyr i deres økosystem og lever af en række forskellige byttedyr, herunder pattedyr, fugle, fisk, krybdyr osv. De lægger sig i baghold og angriber deres bytte. De bevæger sig med høje hastigheder i vandet. De har også et meget kraftigt bid. Nil-krokodiller er ret sociale af natur og er kendt for at dele mad og solpladser med andre af deres art. De har deres egen orden, hvor større og ældre hanner indtager toppen af hierarkiet. Nil-krokodillen er også kendt for at angribe mennesker og er ansvarlig for mange menneskers død i Nil-flodsystemet.

Hippopotamus

Hippopotamus amphibius, der bader i Nilens vand, er et ret almindeligt syn. Det er et planteædende, halvt vandlevende dyr og det tredjestørste landpattedyr på jorden. Flodheste har en barkformet overkrop. Deres vidtåbne mund, der afslører gigantiske hjørnetænder, er typisk for deres fysiske udseende. Flodheste kan ses om dagen i Nilens vand. De både formerer sig og føder i vandet. De nærmer sig land for at græsse efter solnedgang. Flodheste holdes ansvarlige for mange dødsfald blandt mennesker langs Nilen. Deres adfærd beskrives som uforudsigelig og aggressiv. Arten er dog betegnet som sårbar af IUCN, da den jages af mennesker for kød og elfenben.

Nilaborre

Lates niloticus er en ferskvandsfisk, der findes i store dele af den afrotrope økozone, herunder i Nilens flodsystem. Fisken er af stor betydning for mange østafrikanske nationer og er en kilde til fødevaresikkerhed i regionen. Fisken har en sølvfarve med et blåt skær. Dens mørke sorte øjne er omgivet af gule ringe. Nilaborren kan blive op til 2 m lang og veje helt op til 200 kg. Den ernærer sig af insekter, zooplankton, mindre fisk og krebsdyr.

Nilskildpadde med blødt skjold

Også kaldet afrikansk blødskildpadde, har denne skildpadde hullede flade panserknogler, der er dækket af en hud, der er tyk og læderagtig. Hudens farve varierer fra olivenfarvet til brun med hvide pletter, der med lejlighedsvise gule ringe. Skildpadden har tre svømmehudede kløer på hvert lem. Nilens blødskildpadde findes i hele Nil-flodsystemet samt i Congo- og Sombreiro-floderne og i nogle andre dele af Afrika. Disse skildpadder har en altædende kost og ernærer sig af krebsdyr, padder, fisk, små pattedyr og kadavere samt frugter, frø og nødder. Disse skildpadder står over for flere trusler fra mennesker. Mennesker jager dem for kød eller indsamler deres æg til konsum.

Nilflodslanger

Der lever flere arter af slanger, både giftige og ikke-giftige, i Nilens flodbassin. Nogle af de mest dødbringende slanger, der lever langs floden, er den egyptiske båndkobra, den røde spidskobra, den sorte mamba og flere arter af hugorme. Der findes også vandslanger, som næsten udelukkende lever i Nilens vand, i floden. Disse slanger lever af fisk, hvirvelløse dyr og amfibier i vandet.

Afrikansk tigerfisk

Hydrocynus vittatus er en ferskvandsfisk, der findes i store dele af Afrika, herunder i Nilen. Den har en sølvfarvet farve med smalle sorte striber, der løber vandret på dens hud. Den har skarpe og koniske tænder, der gør det muligt for den at skære i byttet efter at have taget godt fat i det. Den afrikanske tigerfisk er yderst vigtig for den lokale økonomi i Nilens afvandingsområde. Den er ikke blot en vigtig proteinkilde, men tiltrækker også turister, som nyder rekreativt fiskeri og sportsfiskeri på floden.

Nilvaran

Varanus niloticus hører til Varanidae-familien og findes i hele Afrika. Denne store varan lever også i Nil-floden. Den kan blive omkring 120 til 220 cm lang og har stærke kæber, ben og en muskuløs krop. Nilvaraner lever af en række forskellige dyr som f.eks. fisk, krokodilleæg, frøer, slanger, fugle, små pattedyr og endda ådsler.