Nationalismen var allerede begyndt at rejse sig i Rusland før slutningen af Alexander II’s regeringstid, men hans stærke efterfølger, Alexander III, som havde en personlig forkærlighed for Finland, var i stand til at modstå de russiske nationalisters krav om ophævelse af det finske selvstyre og indlemmelse af finnerne i den russiske nation. Fremkomsten af et forenet Tyskland syd for Østersøen bekymrede også russerne, som ønskede at sikre sig Finlands loyalitet. Russiske jurister var af den opfattelse, at selv om Alexander I i kraft af sine højeste beføjelser havde givet Finland autonome rettigheder, havde enhver russisk kejser, der udøvede de samme højeste beføjelser, ret til at tage dem tilbage, når han ville. I medfør af dette princip udstedte Nikolaus II den 15. februar 1899 et manifest, ifølge hvilket han havde ret til uden den finske rigsråds samtykke at vedtage love, der kunne håndhæves i Finland, hvis sådanne love berørte russiske interesser. Der blev derefter gjort direkte forsøg på russificering. Den gradvise indførelse af russisk som det tredje officielle sprog blev beordret i 1900, og i 1901 blev det dekreteret, at finnerne skulle tjene i russiske enheder, og at Finlands egen hær skulle opløses. Den ultranationalistiske generalguvernør, general Nikolaj Bobrikov, fik stadig større udøvende magt. Stillet over for denne situation udkrystalliserede der sig to modsatrettede fraktioner i Finlands politiske partier: Konstitutionalisterne (det svenske parti og det ungfinske parti), som krævede, at ingen måtte overholde de ulovlige love, og komplimentærerne (det gamle finske parti), som var parate til at give efter i alt, hvad der efter deres mening ikke berørte Finlands vitale interesser. Konstitutionalisterne blev afskediget fra deres embeder, og deres ledere blev landsforvist. Unge mænd med konstitutionalistiske synspunkter nægtede at melde sig til tjeneste, når de blev indkaldt, og til sidst måtte kejseren give efter: Den finske hær forblev opløst, men ingen finner blev indkaldt til den russiske hær. En mere ekstrem gruppe, kendt som Aktivisterne, var parat til at godkende selv voldshandlinger, og Bobrikov blev myrdet af dem.
Vedstand og reformer
Der kom yderligere modstand fra Arbejderpartiet, som blev grundlagt i 1899, og som i 1903 overtog marxistiske grundsætninger og ændrede navn til Socialdemokratisk Parti. Partiet var ikke villigt til at gå på kompromis med det zaristiske Rusland og udviklede sig efter revolutionære retningslinjer. Da konstitutionalisterne, der benyttede sig af Ruslands momentane svaghed, forenede sig med socialdemokraterne for at organisere en national strejke, genetablerede kejseren den situation, der havde hersket før 1899 (4. november 1905) – men ikke i lang tid. Et andet resultat af strejken var en fuldstændig reform af det parlamentariske system (20. juli 1906). Dette havde været socialdemokraternes mest insisterende krav. Den gamle firekammerdag blev ændret til et enkammerparlament, der blev valgt ved lige og almindelige valgret. Fra at have haft et af Europas mest urepræsentative politiske systemer havde Finland således med ét slag fået det mest moderne. Den parlamentariske reform polariserede de politiske grupperinger, og grunden blev lagt til det moderne partisystem. Indførelsen af den almindelige og lige valgret betød, at bønderne og arbejderne potentielt havde et stort flertal. Socialdemokraterne blev det største parti i parlamentet og opnåede 80 ud af 200 pladser ved det allerførste valg (1907). Ikke desto mindre forblev parlamentets betydning meget lille, da det hele tiden blev opløst af kejseren; således begyndte angrebet på den finske autonomi snart på ny. Konstitutionalisterne trak sig ud af regeringen, og komplimentærerne fulgte snart deres eksempel, da selv efter deres mening den yderste grænse var blevet overskredet. Til sidst blev der dannet et ulovligt senat bestående af russere. I 1910 blev ansvaret for al vigtig lovgivning overført til den russiske Duma.
Ved tilbagevenden til autonomi
Under Første Verdenskrig søgte den finske befrielsesbevægelse støtte fra Tyskland, og en række unge frivillige fik militær træning og dannede Jägar-bataljonen. Efter den russiske revolution i marts 1917 fik Finland igen sin selvstændighed, og et senat, eller en koalitionsregering, overtog styret af landet. Ved en lov fra juli 1917 blev det besluttet, at al den myndighed, som tidligere var udøvet af kejseren (bortset fra forsvars- og udenrigspolitik), skulle udøves af det finske parlament. Efter at Rusland var blevet overtaget af bolsjevikkerne i november 1917 udstedte parlamentet en uafhængighedserklæring for Finland den 6. december 1917, som blev anerkendt af Lenin og hans regering den sidste dag i året.