Madagaskar kan inddeles i fem generelle geografiske regioner: østkysten, Tsaratanana-massivet, det centrale højland, vestkysten og det sydvestlige område. De højeste højder ligger parallelt med østkysten. Den samlede størrelse er 587.040 kvadratkilometer, hvilket gør det til verdens næststørste østat.
ØstkystRediger
Ostkysten består af et smalt bånd af lavland, der er omkring en kilometer bredt, dannet ved aflejring af alluviale jorder, og en mellemliggende zone bestående af stejle klippeskrænter vekslende med kløfter, der grænser op til en skrænt på ca. 500 meter i højden, som giver adgang til det centrale højland. Kystområdet strækker sig omtrent fra nord for Baie d’Antongil, der er det mest fremtrædende punkt på Masoala-halvøen, til den nordligste del af øen. Kysten er lige, med undtagelse af en bugt, og byder på færre naturlige havne end vestkysten.
Kanal des Pangalanes, en 800 km lang lagune, der er dannet naturligt ved, at sand er skyllet op på øen af strømmene i Det Indiske Ocean og ved tilsanding af floderne, er et træk ved kysten; den har været brugt både som transportmiddel op og ned langs kysten og som fiskeriområde. Stranden skråner stejlt ned i dybt vand. Østkysten betragtes som farlig for svømmere og sejlere på grund af det store antal hajer, der frekventerer kysten.
Tsaratanana-massivetRediger
Tsaratanana-massivområdet i den nordlige ende af øen indeholder med sine 2.880 meter det højeste punkt på øen. Længere mod nord ligger Montagne d’Ambre (Ambohitra), som er af vulkansk oprindelse. Kysten er dybt indskåret; to fremtrædende træk er den naturlige havn i Antsiranana (Diego Suárez) lige syd for Cap d’Ambre (Tanjon’ i Bobaomby) og den store ø Nosy Be mod vest. Tsaratanana-massivets bjergrige topografi begrænser potentialet for havnen i Antsiranana ved at hindre trafikstrømmen fra andre dele af øen.
Det centrale højlandRediger
Det centrale højland, der ligger fra 800 til 1.800 m (2.625 til 5.906 ft) i højden, indeholder en bred vifte af topografier: afrundede og eroderede bakker, massive granitudspring, uddøde vulkaner, eroderede halvsletter og alluviale sletter og sumpområder, som er blevet omdannet til vandede rismarker. Det centrale højland strækker sig fra Tsaratanana-massivet i nord til Ivakoany-massivet i syd. De er ret tydeligt afgrænset af skrænterne langs østkysten og skråner svagt mod vestkysten. Det centrale højland omfatter Anjafy-højsletten, de vulkanske formationer i Itasy (Itasy-søen ligger i et vulkankrater) og Ankaratra-massivet, der når en højde på 2 643 m (8 671 ft). Isalo Roiniforme-massivet ligger mellem det centrale højland og vestkysten.
Antananarivo, den nationale hovedstad, ligger i den nordlige del af det centrale højland i en højde af 1.276 m over havets overflade. Et fremtrædende træk ved det centrale højland er en riftdal, der løber fra nord til syd, og som ligger øst for Antananarivo og omfatter Lac Alaotra, der er øens største vandområde. Søen ligger 761 m over havets overflade og er omgivet af to klipper, der rejser sig 701 m mod vest og 488 m mod øst, og som danner væggene i en dal. Denne region har oplevet geologiske sænkninger, og jordskælv er hyppige.
VestkystenRediger
Vestkysten, der består af sedimentære formationer, er mere indskåret end østkysten og tilbyder således en række havne i ly for cykloner, som f.eks. havnen i Mahajanga. Dybe bugter og velbeskyttede havne har tiltrukket opdagelsesrejsende, handlende og pirater fra Europa, Afrika og Mellemøsten siden oldtiden; området har således fungeret som en vigtig bro mellem Madagaskar og omverdenen. Tilslamning af havnene på denne kyst, forårsaget af sedimenter fra den store erosion, som Madagaskar har oplevet inde i landet, er et stort problem. De brede alluviale sletter på kysten mellem Mahajanga og Toliara, som menes at have et stort landbrugspotentiale, er tyndt beboet, mange steder dækket af sumpområder med madagaskar-mangrove, og er stort set uudforskede, selv om de er genstand for mineral- og kulbrinteefterforskning. De gigantiske oliefelter Tsimiroro (tung olie) og Bemolanga (ultra tung olie) ligger mod vest på øen.
SydvestEdit
Den sydvestlige del af øen er afgrænset mod øst af Ivakoany-massivet og mod nord af Isala Roiniforme-massivet. Den omfatter to regioner langs sydkysten, Mahafaly-plateauet og den ørkenregion, der er besat af Antandroy-folket.