Den puertoricanske regering er opbygget på samme måde som den amerikanske, med en udøvende, lovgivende og dømmende magt. Øen har en guvernør og en resident kommissær, som har en plads uden stemmeret i det amerikanske Repræsentanternes Hus. Guvernøren, senatet med 28 pladser og Repræsentanternes Hus med 54 pladser er folkevalgte for fireårige valgperioder. Medlemmerne af højesteret og de lavere domstole udnævnes af guvernøren med Senatets samtykke.

De 4 store politiske partier er primært forskellige i deres synspunkter om, hvorvidt Puerto Rico bør ændre sit forhold til USA. Det pro-statslige New Progressive Party fremhæver, at øen allerede er økonomisk afhængig af USA og mener, at hvis øen bliver en stat, vil den få repræsentation i Washington. Det Demokratiske Folkeparti fremhæver de økonomiske incitamenter, som øen nyder godt af under sin status som Commonwealth, herunder skattefritagelse på føderalt plan og incitamenter til udenlandske investeringer. De to andre store partier, Puerto Rican Independence Party og Puerto Rican Socialist Party, går ind for uafhængighed for østaten. Sidstnævnte partier er meget mindre og mindre betydningsfulde.

Den puertoricanske regering er stærkt involveret i landets økonomi. Fomento, øens økonomiske udviklingsselskab, stimulerer og styrer den økonomiske vækst. Siden 1950’erne har regeringens involvering i økonomiske anliggender omfattet Operation Bootstrap, en plan for at blande lokal arbejdskraft og udenlandske investeringer ved at sætte skub i industrialiseringen baseret på eksport; Fomentos indsats for at fremme petrokemiske og avancerede teknologiske industrier i 1960’erne; og høje statslige udgifter til sociale velfærdsprogrammer. I 1994 oprettede regeringen et udenrigshandelsråd for at stimulere udenlandske investeringer og fremme eksporten. Styrelsen beskæftigede sig primært med at yde støtte til små virksomheder, der havde potentiale til at eksportere varer til udenlandske markeder. Puerto Ricos var den første økonomi i verden, der blev industrialiseret omkring et program, der var fuldt ud afhængig af eksport, og Puerto Rico fortsætter med at fokusere sine bestræbelser på en økonomi til eksport, hvilket styrker dets image som et ideelt sted for turisme og forretning.

Da der ikke er nogen officiel repræsentation i den amerikanske regering, betaler puertoricanske borgere på øen ikke føderale skatter, selv om de nyder amerikansk statsborgerskab. Toldskatter og punktafgifter på import og eksport går til den føderale statskasse. Øen har også velfærdsprogrammer, der ligner dem i USA. I dag spiller den amerikanske regering mere end nogensinde før en stor rolle i Puerto Ricos økonomi via skatteincitamenter og -fritagelser, toldfri adgang og løn- og infrastrukturincitamenter, der tilskynder store amerikanske virksomheder og selskaber til at investere i øens økonomi. Som et amerikansk commonwealth kontrollerer Puerto Rico kun sine interne anliggender; den amerikanske forbundsregering kontrollerer alle mellemstatslige og internationale handelsforbindelser. Øen har ikke sit eget militær, så i modsætning til situationen i det meste af Latinamerika udøver militæret ingen kontrol over økonomien. Den

øens skattesystem er uafhængigt af det amerikanske skattesystem, idet det er den amerikanske lovgivende forsamling, der bestemmer, hvordan skatteindtægterne skal bruges.