Alopecia areatan syyt ovat monimutkaisia, eikä niitä tunneta hyvin. Sairauden taustalla on todennäköisesti useiden tekijöiden yhdistelmä, mukaan lukien muutokset monissa hiuksissa ja ihossa sekä immuunijärjestelmässä toimivissa geeneissä.

Alopecia areata on yksi suuresta ryhmästä immuunijärjestelmän sairauksia, jotka luokitellaan autoimmuunisairauksiksi. Normaalisti immuunijärjestelmä suojaa elimistöä vierasperäisiltä tunkeutujilta, kuten bakteereilta ja viruksilta, tunnistamalla ja hyökkäämällä näitä tunkeutujia vastaan ja poistamalla ne elimistöstä. Autoimmuunisairauksissa immuunijärjestelmä ei toimi kunnolla ja hyökkää sen sijaan kehon omia kudoksia vastaan. Epäselvistä syistä alopecia areatassa immuunijärjestelmä kohdistuu karvatupiin, jolloin hiusten kasvu pysähtyy. Tila ei kuitenkaan vahingoita follikkeleita pysyvästi, minkä vuoksi hiukset voivat myöhemmin kasvaa uudelleen.

Monet geenit, jotka on yhdistetty alopecia areataan, osallistuvat elimistön immuunivasteeseen. Näihin kuuluu useita geenejä, jotka kuuluvat geeniperheeseen nimeltä ihmisen leukosyyttiantigeeni (HLA) -kompleksi. HLA-kompleksi auttaa immuunijärjestelmää erottamaan elimistön omat proteiinit vieraiden hyökkääjien tuottamista proteiineista. Jokaisella HLA-geenillä on monia eri variaatioita, minkä ansiosta kunkin henkilön immuunijärjestelmä voi reagoida monenlaisiin vieraisiin proteiineihin. Tietyt HLA-geenien variaatiot vaikuttavat todennäköisesti siihen, että hiustuppeen kohdistuva epäasianmukainen immuunivaste johtaa alopecia areataan. Myös HLA-kompleksin ulkopuoliset immuunijärjestelmän geenit, kuten useat tulehdukseen osallistuvat geenit, on yhdistetty alopecia areataan.

Joitakin alopecia areataan liittyviä geneettisiä variaatioita on havaittu henkilöillä, joilla on muita autoimmuunisairauksia, mikä viittaa siihen, että tällä tautiryhmällä voi olla yhteisiä geneettisiä riskitekijöitä. Alopecia areataa sairastavilla henkilöillä on suurentunut riski sairastua muihin autoimmuunisairauksiin, kuten vitiligoon, systeemiseen lupus erythematosukseen, atooppiseen ihottumaan, allergiseen astmaan ja autoimmuunisiin kilpirauhassairauksiin (kuten Hashimoton kilpirauhastulehdus ja Gravesin tauti). Vastaavasti henkilöillä, joilla on näitä autoimmuunisairauksia, on suurentunut riski sairastua alopecia areataan.

Monissa tapauksissa ei tiedetä, mikä laukaisee hiustenlähtöä henkilöillä, joilla on alopecia areata. On mahdollista, että ympäristötekijät, kuten emotionaalinen stressi, fyysinen vamma tai sairaus, aiheuttavat epänormaalin immuunivasteen riskihenkilöillä. Useimmilla sairastuneilla hiustenlähdön alkamiselle ei kuitenkaan ole selvää selitystä.