Brave Frontierin pelattavuus muistuttaa Square Enixin Valkyrie Profilea. Juoni keskittyy nimettömään summoneriin ja pelaajien on suoritettava jokainen vaihe päästäkseen uudelle alueelle. Pelaajat saavat tuoda jokaiseen vaiheeseen enintään 5 yksikköä ”ystävän” yksikön kanssa quest-tilassa. Pelaajat tekevät ystäviä ystäväpyynnön kautta. Yksiköiden hyökkääminen taistelussa palkitsee pelaajan Brave Burst -kiteillä ja sydänkiteillä. Kun vihollinen on kukistettu, pelaaja siirtyy seuraavaan vaiheeseen, kunnes hän kohtaa pomon, jota tarvitaan tason suorittamiseen. Tehtävän suorittamisen jälkeen pelaajat palkitaan Zelillä, karmalla ja esineillä sekä hankkimalla yksiköitä jokaisesta tehtävästä. Kun pelaajat suorittavat koko alueen, heidät palkitaan yhdellä jalokivellä. Jos pelaajat kuitenkin epäonnistuvat tehtävässä, he käyttävät yhden jalokiven jatkaakseen. Yksiköillä on kyky suorittaa erikoishyökkäyksiä, jotka tunnetaan nimellä Brave Bursts. Aktivoituessaan yksikkö käyttää voimakasta hyökkäystä. Brave Burstit voivat myös antaa lisäpotkua terveyspisteisiin tai kasvattaa kokonaistilastoja, jotta saataisiin etulyöntiasema vihollisia vastaan. Super Brave Burst -hyökkäyksiä voidaan myös suorittaa, mutta vain jos yksiköllä on 6 Star Rank ja sen Brave Burst -mittari on maksimoitu. Toista versiota, nimeltään Ultimate Brave Bursts, voivat käyttää 7 tähden ja Omni Evolution -yksiköt, kun Overdrive-mittari on täytetty. Omni Evolution -yksiköt pystyvät muokkaamaan kykyjään sekä lisäämään Brave Burstin, Super Brave Burstin ja Ultimate Brave Burstin antamia vaikutuksia parannuksilla, jotka saadaan yhdistämällä muita yksiköitä Omni Evolution -yksiköihin. Omni Evolution -yksiköt voivat myös tehdä resonansseja, jotka edellyttävät kahden saman elementin Omni Evolution -yksikön kipinöintiä toistensa kanssa.
Tehtävien lisäksi pelaaja voi myös fuusioida yksikköjä kussakin tehtävässä saaduilla yksiköillä, jotta ne voivat nousta tasolleen. Kun yksikkö on nyt maksimitasollaan, pystyy se nyt kehittymään. Vaatimukset kehittymiskelpoisten yksiköiden kehittymiselle ovat erilaiset. Jokaisella yksiköllä on myös oma arvojärjestyksensä, joista Omni Evolution on korkein. Pelaajat voivat saada lisää yksiköitä Honor Summonsin ja Rare Summonsin kautta, ne vaativat pelaajilta jalokiviä ja Honor Pointsia yksiköiden kutsumiseksi. Pelaajat voivat myydä yksiköitä zelistä tai varustaa niitä Spheresilla ja jalokivillä mikrotransaktioiden kautta. Esineitä voidaan myös syntetisoida hyödyllisiksi esineiksi, kuten juomiksi, tonikoiksi ja elvytystuotteiksi. Samalla tavalla valmistetaan myös sfäärejä, jotka nostavat yksikön kokonaistilastoja. Kaupunki tarjoaa paljon esineitä, joita käytetään näihin, jotkut esineet on hankittava pelaajan raivaamien luolastojen kautta. Toinen asia on se, että kaupunki voi tarjota tärkeämpiä esineitä, jos pelaaja päivittää jokaista laitosta karman avulla.
Brave Frontierissa on tapahtumakäyntejä saatavilla Vortex-portin sisällä, jolloin pelaajat voivat saada evoluutioyksiköitä, Zel- tai promootioharvinaisia yksiköitä, joita ei löydy Rare Summonsista. Tietyt luolastot, kuten metalliparaatit, jalokiviparaatit ja impparaatit, vaativat avaimia, joilla ne voidaan avata rajoitetuksi ajaksi. Pelin sisäiset tapahtumat ovat Vortex Gateissa, ja pelaajat palkitaan ilmaisella yksiköllä, jos ne suoritetaan. Pelaajat voivat haastaa toisiaan areenalla ja voittaa palkintoja tietyn sijoituksen saavuttamisesta. Pelissä on myös Frontier Hunter -kokeita, joiden avulla pelaajat voivat nostaa Hunter-arvojaan, Raid-taisteluita, kolikkopeliominaisuus, minipelejä, päivittäisiä tehtäviä ja Grand Quest.