Armeija siirsi Alcatrazin siviilivankilaviranomaisille (Bureau of Prisons, BOP) vuonna 1934. BOP muutti vanhenevan sotilasvankilan nopeasti huipputurvalliseksi, huippumoderniksi siviilirangaistuslaitokseksi. Alcatrazista tuli pian Yhdysvaltojen historian tunnetuin liittovaltion vankila.
Alcatraz suunniteltiin Amerikan ensimmäiseksi huipputurvalliseksi, minimiprivilegeillä varustetuksi rangaistuslaitokseksi, jota nykyään kutsutaan ”super max” -laitokseksi. Vuosina 1934-1963 Alcatraziin sijoitettiin joitakin Amerikan pahamaineisimpia rikoksentekijöitä, pakomiehiä, jengijohtajia ja yleisiä häiriköitä. Heitä pidettiin kaikkein turvallisimmissa ja tiukimmin säädellyissä olosuhteissa lähes pakenemattomassa ympäristössä San Franciscon lahden keskellä sijaitsevalla kallioisella saarella. Sinne lähetetyille miehille Alcatraz oli päätepiste.
Alcatrazia kutsuttiin joskus ”vankilaksi vankilajärjestelmän sisällä”, koska sinne lähetettiin vain muista liittovaltion vankiloista siirrettyjä vankeja. Tuomioistuimet eivät voineet tuomita ketään Alcatraziin. Sen sijaan ”The Rock” oli paikka, jonne BOP lähetti hankalimmat vangit, kunnes päätettiin, että heidät voitaisiin turvallisesti palauttaa alemman turvallisuustason laitokseen. Keskimääräinen oleskeluaika oli viisi vuotta.
Liittovaltion vankilan toiminta-aikana 36 vankia osallistui 14 erilliseen pakoyritykseen. Kaksikymmentäkolme miestä saatiin kiinni, kuusi ammuttiin ja tapettiin ja kaksi hukkui. Viisi vankia katosi eikä heitä koskaan enää nähty, mutta ylivoimainen todennäköisyys on, että he hukkuivat eikä heidän ruumiitaan koskaan löydetty.
Vuoden 1963 alussa oikeusministeri Robert Kennedy määräsi Alcatrazin vankilan sulkemisen kasvaviin ylläpito- ja käyttökustannuksiin vedoten. Viimeiset vangit poistettiin saarelta 21. maaliskuuta 1963. Kun saari suljettiin, se korvattiin uudella liittovaltion korkeimman turvallisuuden vankilalla Marionissa, Illinoisin osavaltiossa.
Tänä päivänä hallituksen ”super max” -laitos sijaitsee Firenzessä, Coloradossa. Sen epävirallinen lempinimi on ”Kalliovuorten Alcatraz.”
Lisätietoa U.S. Penitentiary on Alcatraz -vankilasta saa virallisilta Bureau of Prisons -verkkosivuilta osoitteesta BOP Alcatraz history.