Niiliä pidetään Egyptin elinehtona. Ilman Niiliä suuri osa Egyptistä olisi elinkelvoton. Joessa elää monia vesieläinlajeja, ja se tukee myös satoja muita maaeläinlajeja, jotka elävät sen rannoilla. Paikalliset asukkaat pelkäävät ja kunnioittavat monia Niilissä ja sen ympäristössä eläviä eläimiä. Muinaiset egyptiläiset jopa palvoivat joitakin niistä. Seuraavassa mainitaan joitakin Niilinjoen tunnetuimmista eläimistä.

Niilin krokotiili

Krokotiili Crocodylus niloticus eli Niilin krokotiili on yksi Niilin pelätyimmistä ja kunnioitetuimmista asukkaista. Se on maailman toiseksi suurin säilynyt matelija suolaisen veden krokotiilin jälkeen. Tätä lajia tavataan suuressa osassa Saharan eteläpuoleista Afrikkaa, ja se elää järvissä, joissa ja jopa suoalueilla. Toisinaan Niilin krokotiilia on havaittu suolaisen veden ympäristöissä, kuten murtovesijärvissä ja deltoissa, mutta yleensä se on makean veden laji. Niilinkrokotiiliuroksen pituus on 3,5-5 metriä, kun taas naaraat ovat noin 30 prosenttia uroksia pienempiä. Niilinkrokotiileja pelätään niiden aggressiivisen luonteen vuoksi. Ne ovat ekosysteeminsä huippupetoja, ja ne syövät monenlaisia saaliita, kuten nisäkkäitä, lintuja, kaloja ja matelijoita. Ne väijyvät ja hyökkäävät saaliinsa kimppuun. Ne liikkuvat vedessä suurella nopeudella. Niillä on myös erittäin voimakas purema. Niilinkrokotiilit ovat luonteeltaan melko sosiaalisia, ja niiden tiedetään jakavan ruokaa ja paistattelupaikkoja muiden lajitovereidensa kanssa. Niillä on oma järjestyksensä, jossa isommat ja vanhemmat urokset ovat hierarkian huipulla. Niilinkrokotiilien tiedetään myös hyökkäävän ihmisten kimppuun, ja ne ovat vastuussa monista ihmiskuolemista Niilin jokiverkostossa.

Hippopotamus

Niilin vesissä kylpevä Hippopotamus amphibius on varsin yleinen näky. Se on kasvinsyöjä, puolivesieläin ja maapallon kolmanneksi suurin maannisäkäs. Hippoksilla on tynnyrimäinen vartalo. Tyypillistä niiden ulkonäölle on niiden leveä suu, josta paljastuvat jättimäiset syöksyhampaat. Virtahepoja voi nähdä päiväsaikaan Niilin vesillä. Ne sekä lisääntyvät että synnyttävät vedessä. Ne lähestyvät maata laiduntaakseen auringonlaskun jälkeen. Virtahepojen katsotaan olevan vastuussa monista ihmiskuolemista Niilin varrella. Niiden käyttäytymistä kuvataan arvaamattomaksi ja aggressiiviseksi. IUCN on kuitenkin luokitellut lajin haavoittuvaksi, koska ihmiset metsästävät sitä lihan ja norsunluun vuoksi. Kalalla on suuri merkitys monille Itä-Afrikan valtioille, ja se on alueen elintarviketurvan lähde. Kala on hopeanvärinen ja siinä on sininen vivahde. Sen tummanmustia silmiä ympäröivät keltaiset renkaat. Niilin ahven voi kasvaa jopa 2 metrin pituiseksi ja painaa jopa 200 kiloa. Se syö hyönteisiä, eläinplanktonia, pienempiä kaloja ja äyriäisiä.

Niilin pehmytkuorinen kilpikonna

Tätä kilpikonnaa kutsutaan myös afrikkalaiseksi pehmytkuoriseksi kilpikonnaksi, ja sillä on kuoppainen litteä selkäkilpi, jota peittää paksu ja nahkainen nahka. Ihon väri vaihtelee oliivinvärisestä ruskeaan, jossa on valkoisia täpliä, joissa on satunnaisesti keltaisia renkaita. Kilpikonnalla on kummassakin raajassa kolme verkkokynttä. Niilin pehmeäkilpikonnaa tavataan koko Niilin jokiverkostossa sekä Kongo- ja Sombreiro-joissa ja joissakin muissa osissa Afrikkaa. Nämä kilpikonnat ovat kaikkiruokaisia ja syövät äyriäisiä, sammakkoeläimiä, kaloja, pieniä nisäkkäitä ja raatoja sekä hedelmiä, siemeniä ja pähkinöitä. Nämä kilpikonnat kohtaavat useita ihmisten aiheuttamia uhkia. Ihmiset metsästävät niitä lihan vuoksi tai keräävät niiden munia syötäväksi.

Niilin käärmeet

Niilin vesistöalueella elää useita käärmelajeja, sekä myrkyllisiä että myrkyttömiä. Tappavimpia joen varrella eläviä käärmeitä ovat egyptiläinen nauhakobra, punainen sylkykobra, musta mamba ja useat kyykäärmelajit. Joessa esiintyy myös vesikäärmeitä, jotka elävät lähes yksinomaan Niilin vesissä. Nämä käärmeet syövät vedessä olevia kaloja, selkärangattomia ja sammakkoeläimiä.

Afrikan tiikerikala

Hydrocynus vittatus on makeanveden kala, jota tavataan suuressa osassa Afrikkaa, myös Niilinjoessa. Se on hopeanvärinen, ja sen iholla on vaakasuoraan kulkevia kapeita mustia kaistaleita. Sillä on terävät ja kartiomaiset hampaat, joiden avulla se voi leikata saalista sen jälkeen, kun se on tarttunut siihen tiukasti kiinni. Afrikkalainen tiikerikala on erittäin tärkeä Niilin altaan paikallistaloudelle. Se on tärkeä proteiinilähde ja houkuttelee myös turisteja, jotka nauttivat virkistys- ja urheilukalastuksesta joella.

Niilin monitori

Varanus niloticus kuuluu Varanidae-heimoon ja sitä tavataan kaikkialla Afrikassa. Tämä suuri monitori elää myös Niilillä. Se voi kasvaa noin 120-220 cm pitkäksi, ja sillä on vahvat leuat, jalat ja lihaksikas vartalo. Niilimonitori syö erilaisia eläimiä, kuten kaloja, krokotiilien munia, sammakoita, käärmeitä, lintuja, pieniä nisäkkäitä ja jopa raatoja.