Puerto Ricon hallintorakenne on samankaltainen kuin Yhdysvalloissa: toimeenpano-, lainsäädäntö- ja oikeuslaitos. Saarella on kuvernööri ja maassa asuva komissaari, jolla on äänioikeudeton paikka Yhdysvaltain edustajainhuoneessa. Kuvernööri, 28-paikkainen senaatti ja 54-paikkainen edustajainhuone valitaan vaaleilla neljäksi vuodeksi. Kuvernööri nimittää korkeimman oikeuden ja alempien tuomioistuinten jäsenet senaatin suostumuksella.

Neljä suurta poliittista puoluetta eroavat toisistaan lähinnä näkemyksissään siitä, pitäisikö Puerto Ricon muuttaa suhdettaan Yhdysvaltoihin. Valtiollista asemaa kannattava Uusi edistyspuolue korostaa, että saari on jo nyt taloudellisesti riippuvainen Yhdysvalloista, ja uskoo, että saaren muuttaminen osavaltioksi toisi sille edustuksen Washingtonissa. Demokraattinen kansanpuolue korostaa taloudellisia kannustimia, joista saari nauttii kansainyhteisön aseman nojalla, kuten liittovaltion verovapautta ja kannustimia ulkomaisille investoinneille. Kaksi muuta suurta puoluetta, Puerto Ricon itsenäisyyspuolue ja Puerto Ricon sosialistipuolue, kannattavat saarivaltion itsenäisyyttä. Viimeksi mainitut puolueet ovat paljon pienempiä ja vähemmän merkittäviä.

Puerto Ricon hallitus on vahvasti mukana sen taloudessa. Fomento, saaren talouskehitysyhtiö, edistää ja ohjaa talouskasvua. Hallituksen osallistumiseen talousasioihin on 1950-luvulta lähtien kuulunut muun muassa operaatio Bootstrap, suunnitelma paikallisen työvoiman ja ulkomaisten investointien sekoittamiseksi vauhdittamalla vientiin perustuvaa teollistumista, Fomenton pyrkimykset edistää petrokemian ja kehittyneen teknologian teollisuutta 1960-luvulla sekä hallituksen suuret menot sosiaalihuolto-ohjelmiin. Vuonna 1994 hallitus perusti ulkomaankauppalautakunnan stimuloimaan ulkomaisia investointeja ja edistämään vientiä. Lautakunta keskittyi pääasiassa tukemaan pieniä yrityksiä, joilla oli mahdollisuuksia viedä tavaroita ulkomaisille markkinoille. Puerto Rico oli maailman ensimmäinen talous, joka teollistui täysin vientiin perustuvan ohjelman ympärille, ja Puerto Rico keskittyy edelleen vientitalouteen, mikä vahvistaa sen imagoa ihanteellisena sijaintipaikkana matkailulle ja liiketoiminnalle.

Koska Puerto Ricolla ei ole virallista edustusta Yhdysvaltain hallituksessa, saarella asuvat puertoricolaiset eivät maksa liittovaltion veroja, vaikka heillä onkin Yhdysvaltain kansalaisuus. Tuonnista ja viennistä kannettavat tulli- ja valmisteverot menevät liittovaltion kassaan. Saarella on myös samanlaisia hyvinvointiohjelmia kuin Yhdysvalloissa. Yhdysvaltain hallituksella on nykyään enemmän kuin koskaan suuri rooli Puerto Ricon taloudessa verokannustimilla ja -vapautuksilla, tullittomuudella sekä palkka- ja infrastruktuurikannustimilla, jotka rohkaisevat suuria yhdysvaltalaisia yrityksiä ja yhtiöitä investoimaan saaren talouteen. Yhdysvaltain kansainyhteisönä Puerto Rico valvoo vain sisäisiä asioitaan; Yhdysvaltain liittovaltion hallitus valvoo kaikkia osavaltioiden välisiä ja kansainvälisiä kauppasuhteita. Saarella ei ole omaa armeijaa, joten toisin kuin suurimmassa osassa Latinalaista Amerikkaa, armeija ei valvo taloutta.

saaren verojärjestelmä on riippumaton Yhdysvaltain verojärjestelmästä, ja Yhdysvaltain lainsäätäjä päättää verotulojen käytöstä.