Kanavan sulut toimivat Gatún-, Alajuela- ja Miraflores-järvistä tulevan veden painovoimaisen virtauksen avulla, joita Chagres- ja muut joet ruokkivat. Itse sulut ovat pituudeltaan, leveydeltään ja syvyydeltään yhdenmukaisia, ja ne on rakennettu pareittain, jotta alukset voivat kulkea samanaikaisesti kumpaankin suuntaan. Kussakin sulkuportissa on kaksi saranoilla varustettua, 20 metriä (65 jalkaa) leveää ja 2 metriä (6,5 jalkaa) paksua luukkua. Sulkuporttien korkeus vaihtelee 46 ja 82 jalan (14 ja 25 metrin) välillä, ja niiden liikuttaminen tapahtuu sulun seinämiin upotetuilla sähkömoottoreilla. Sulkuportteja ohjataan ohjaustornista, joka sijaitsee kutakin sulkuparia erottavalla seinustalla ja josta ohjataan myös sulkukammioiden täyttymistä tai tyhjenemistä. Sulkukammiot ovat 1 000 jalkaa (300 metriä) pitkiä, 110 jalkaa (33 metriä) leveitä ja 40 jalkaa (12 metriä) syviä.
Stan Shebs
Alkuperäisten sulkumekanismien herkän luonteen vuoksi vain pienet vesikulkuneuvot saavat kulkea sulkujen läpi ilman apua. Suurempia vesikulkuneuvoja ohjataan sähköisillä hinausvetureilla, jotka toimivat sulun seinämissä olevilla hammasrattailla ja joiden tehtävänä on pitää alukset keskitettyinä sulussa. Ennen kuin sulkuun voi mennä, on läpikuljettava lähestymisalueen seinämien väliin pingotettu suojaketju. Jos kaikki sujuu moitteettomasti, ketju putoaa kanavan pohjassa olevaan uraansa. Jos alus sattumalta liikkuu liian nopeasti turvallisuuden kannalta, ketju pysyy jännittyneenä ja alus törmää siihen. Ketju, jota käytetään seinissä olevilla hydraulisilla koneilla, vapautuu tällöin hitaasti automaattisesti, kunnes alus on pysähtynyt. Jos alus pääsee irti hinaavasta veturista ja ryntää ketjun katkaisemalla ensimmäiseen porttiin, 15 metrin päässä oleva toinen portti suojaa sulkua ja pysäyttää etenemisen.
Vuonna 2007 aloitetun Third Set of Locks -hankkeen kolmannen sarjan sulkulaitteistot saivat inspiraationsa Antwerpenin Antwerpenissä Belgiassa sijaitsevasta Berendrechtin sulkulaitteistosta ja Saksan kanaaleissa käytetyistä vettä säästävistä altaista. Noin 190 000 tonnia terästä, enimmäkseen Meksikosta, on upotettu vahvasti vahvistettuun betoniin Atlantin ja Tyynenmeren puolella sijaitsevien sulkukammioiden rakentamiseksi, ja uudet sulkuportit ovat jopa 33 jalkaa (10 metriä) leveitä, 98 jalkaa (30 metriä) korkeita ja 190 jalkaa (58 metriä) pitkiä. Uudet kammiot ja altaat, jotka ohjaavat Gatún-järvestä virtaavaa vettä, suunniteltiin siten, että veden virtauksen turbulenssi ja kauttakulkeville aluksille aiheutuva häiriö on mahdollisimman pieni. Altaat valmistuivat kesäkuussa 2016, ja niihin kuuluu 158 venttiiliä, jotka koostuvat 20 000 tonnista rakennemateriaalia. Viranomaisten mukaan nämä vettä säästävät altaat ovat maailman suurimmat, ja ne mahdollistavat veden 60 prosentin uudelleenkäytön. Kun nykyiset sulut käyttävät 52 miljoonaa gallonaa (197 miljoonaa litraa) jokaisella käyttökerralla, uudet sulut käyttävät 48 miljoonaa gallonaa (182 miljoonaa litraa).