Nationalismi oli alkanut nostaa päätään Venäjällä jo ennen Aleksanteri II:n valtakauden loppua, mutta hänen voimakastahtoinen seuraajansa Aleksanteri III, jolla oli henkilökohtainen mieltymys Suomeen, pystyi vastustamaan venäläisten kansallismielisten vaatimuksia Suomen itsehallinnon lakkauttamisesta ja suomalaisten sulauttamisesta Venäjän kansakuntaan. Yhtenäisen Saksan syntyminen Itämeren eteläpuolella huolestutti myös venäläisiä, jotka halusivat varmistaa Suomen lojaalisuuden. Venäläiset juristit olivat sillä kannalla, että vaikka Aleksanteri I oli ylimpien valtuuksiensa nojalla myöntänyt Suomelle itsehallinnolliset oikeudet, kenellä tahansa samaa ylimpää valtaa käyttävällä venäläisellä keisarilla oli oikeus ottaa ne takaisin milloin tahansa halutessaan. Tätä periaatetta soveltaen Nikolai II antoi 15. helmikuuta 1899 manifestin, jonka mukaan hänellä oli oikeus ilman Suomen valtiopäivien suostumusta säätää lakeja, jotka olivat täytäntöönpanokelpoisia Suomessa, jos ne koskivat Venäjän etuja. Tämän jälkeen tehtiin suoria venäläistämisyrityksiä. Venäjä määrättiin asteittain kolmanneksi viralliseksi kieleksi vuonna 1900, ja vuonna 1901 säädettiin, että suomalaisten oli palveltava venäläisissä yksiköissä ja että Suomen oma armeija oli lakkautettava. Lisääntyvä toimeenpanovalta annettiin ultranationalistiselle kenraalikuvernöörille, kenraali Nikolai Bobrikoville. Tilanteen edessä Suomen poliittisista puolueista kiteytyi kaksi vastakkaista ryhmittymää: perustuslailliset (Ruotsalainen puolue ja Nuorsuomalainen puolue), jotka vaativat, että kukaan ei saisi noudattaa laittomia säädöksiä, ja kokoomuslaiset (Vanhasuomalainen puolue), jotka olivat valmiita antamaan periksi kaikessa, mikä ei heidän mielestään vaikuttanut Suomen elintärkeisiin etuihin. Perustuslailliset erotettiin viroistaan ja heidän johtajansa karkotettiin. Perustuslaillisia näkemyksiä edustavat nuoret miehet kieltäytyivät ilmoittautumasta palvelukseen, kun heitä kutsuttiin, ja lopulta keisarin oli annettava periksi: Suomen armeija jäi lakkautetuksi, mutta yhtään suomalaista ei värvätty Venäjän armeijaan. Äärimmäisempi ryhmä, joka tunnettiin nimellä Aktivistit, oli valmis kannattamaan jopa väkivallantekoja, ja he murhasivat Bobrikovin.

Vastarinta ja uudistus

Täysin vastakkain asettui vuonna 1899 perustettu työväenpuolue, joka vuonna 1903 omaksui marxilaiset periaatteet ja muutti nimensä sosialidemokraattiseksi puolueeksi. Koska puolue ei halunnut tehdä kompromisseja tsaarin Venäjän kanssa, se kehittyi vallankumouksellisten linjojen mukaisesti. Kun perustuslailliset, jotka käyttivät hyväkseen Venäjän hetkellistä heikkoutta, yhdistyivät sosialidemokraattien kanssa järjestääkseen valtakunnallisen lakon, keisari palautti ennen vuotta 1899 vallinneen tilanteen (4. marraskuuta 1905) – mutta ei kauaa. Toinen lakon tulos oli parlamentaarisen järjestelmän täydellinen uudistus (20. heinäkuuta 1906). Tämä oli ollut sosialidemokraattien vaativin vaatimus. Vanha neljän kamarin valtiopäivät muutettiin yksikamariseksi parlamentiksi, joka valittiin yleisillä ja yhtäläisillä vaaleilla. Näin Suomesta, jolla oli yksi Euroopan epäedustuksellisimmista poliittisista järjestelmistä, oli yhdellä iskulla tullut nykyaikaisin. Eduskuntauudistus polarisoi poliittiset ryhmittymät ja loi pohjan nykyaikaiselle puoluejärjestelmälle. Yleisen ja yhtäläisen äänioikeuden käyttöönotto merkitsi sitä, että maanviljelijöillä ja työläisillä oli potentiaalisesti suuri enemmistö. Sosiaalidemokraateista tuli parlamentin suurin puolue, joka sai heti ensimmäisissä vaaleissa (1907) 80 paikkaa 200:sta. Eduskunnan merkitys jäi kuitenkin hyvin pieneksi, sillä keisari hajotti sen jatkuvasti, joten hyökkäys Suomen autonomiaa vastaan alkoi pian uudelleen. Perustuslailliset erosivat hallituksesta, ja kokoomuslaiset seurasivat pian heidän esimerkkiään, sillä heidänkin mielestään äärimmäinen raja oli ylitetty. Lopulta muodostettiin venäläisistä koostuva laiton senaatti. Vuonna 1910 vastuu kaikesta tärkeästä lainsäädännöstä siirrettiin venäläiselle duumalle.

Paluu autonomiaan

Suomen vapautusliike haki ensimmäisen maailmansodan aikana tukea Saksasta, ja joukko nuoria vapaaehtoisia sai sotilaskoulutuksen ja muodosti Jägar-pataljoonan. Venäjän vallankumouksen jälkeen maaliskuussa 1917 Suomi sai jälleen autonomiansa, ja senaatti eli koalitiohallitus otti maan vallan. Heinäkuussa 1917 annetulla lailla päätettiin, että kaikkea keisarin aiemmin käyttämää valtaa (puolustus- ja ulkopolitiikkaa lukuun ottamatta) käyttää Suomen eduskunta. Sen jälkeen kun Venäjä oli siirtynyt bolshevikkien valtaan marraskuussa 1917, eduskunta antoi 6. joulukuuta 1917 Suomen itsenäisyysjulistuksen, jonka Lenin ja hänen hallituksensa tunnustivat vuoden viimeisenä päivänä.