W 1934 roku wojsko przekazało Alcatraz cywilnemu Urzędowi Więziennictwa (BOP). BOP szybko przekształciło starzejące się więzienie wojskowe w nowoczesny cywilny zakład karny o najwyższym poziomie zabezpieczeń. Wkrótce Alcatraz stało się najsłynniejszym więzieniem federalnym w historii Stanów Zjednoczonych.

Alcatraz zostało zaprojektowane jako pierwsze amerykańskie więzienie o maksymalnym rygorze i minimalnym przywileju, co dziś określa się mianem instytucji „super max”. W latach 1934-1963 w Alcatraz przebywali najsłynniejsi amerykańscy przestępcy, uciekinierzy, przywódcy gangów i osoby sprawiające ogólne kłopoty. Byli oni przetrzymywani w najbardziej bezpiecznych i rygorystycznych warunkach, w praktycznie niedostępnym dla uciekinierów środowisku na skalistej wyspie pośrodku Zatoki San Francisco. Dla wysłanych tam mężczyzn Alcatraz było końcem linii.

Alcatraz było czasem nazywane „więzieniem w systemie więziennictwa”, ponieważ jedyni więźniowie, którzy tam trafiali, byli przenoszeni z innych więzień federalnych. Sądy nie mogły nikogo skazać na Alcatraz. Zamiast tego, „The Rock” był miejscem, gdzie BOP wysyłał swoich najbardziej kłopotliwych więźniów, dopóki nie zdecydowano, że mogą być bezpiecznie odesłani do instytucji o niższym poziomie bezpieczeństwa. Średni czas pobytu wynosił pięć lat.

W okresie funkcjonowania federalnego zakładu karnego 36 więźniów brało udział w 14 oddzielnych próbach ucieczki. Dwudziestu trzech mężczyzn zostało złapanych, sześciu zastrzelono, a dwóch utonęło. Pięciu skazańców zaginęło i nigdy więcej ich nie widziano, ale istnieje duże prawdopodobieństwo, że utonęli, a ich ciał nigdy nie odnaleziono.

Na początku 1963 roku prokurator generalny Robert Kennedy nakazał zamknięcie zakładu karnego Alcatraz, powołując się na rosnące koszty utrzymania i eksploatacji. Ostatni skazańcy zostali usunięci z wyspy 21 marca 1963 roku. Po zamknięciu wyspy zastąpiło ją nowe więzienie federalne o zaostrzonym rygorze w Marion, Illinois.

Dzisiaj rządowa instytucja „super max” znajduje się we Florence, w stanie Kolorado. Jego nieoficjalny przydomek to „Alcatraz of the Rockies.”

Więcej informacji na temat Zakładu Karnego Stanów Zjednoczonych w Alcatraz można znaleźć na oficjalnej stronie internetowej Biura Więziennictwa pod adresem BOP Alcatraz history.