Struktura rządu Portoryko jest podobna do struktury rządu Stanów Zjednoczonych, z władzą wykonawczą, ustawodawczą i sądowniczą. Wyspa ma gubernatora i komisarza-rezydenta, który ma miejsce bez prawa głosu w Izbie Reprezentantów Stanów Zjednoczonych. Gubernator, 28-osobowy Senat i 54-osobowa Izba Reprezentantów są wybierane w wyborach powszechnych na 4-letnie kadencje. Członkowie Sądu Najwyższego i sądów niższych instancji są mianowani przez gubernatora za zgodą Senatu.

Cztery główne partie polityczne różnią się przede wszystkim poglądami na temat tego, czy Portoryko powinno zmienić swoje stosunki ze Stanami Zjednoczonymi. Pro-państwowa Nowa Partia Postępowa podkreśla, że wyspa jest już ekonomicznie zależna od Stanów Zjednoczonych i uważa, że uczynienie wyspy państwem zapewniłoby jej reprezentację w Waszyngtonie. Ludowa Partia Demokratyczna kładzie nacisk na bodźce ekonomiczne, z których wyspa korzysta w ramach statusu wspólnoty narodów, w tym zwolnienie z podatków federalnych i zachęty dla inwestycji zagranicznych. Dwie pozostałe główne partie, Partia Niepodległości Portoryko oraz Portorykańska Partia Socjalistyczna, opowiadają się za niepodległością wyspiarskiego państwa. Te ostatnie partie są znacznie mniejsze i mniej znaczące.

Rząd Portoryko jest mocno zaangażowany w gospodarkę. Fomento, Korporacja Rozwoju Gospodarczego wyspy, stymuluje i kieruje wzrostem gospodarczym. Od lat 50-tych XX wieku zaangażowanie rządu w sprawy gospodarcze obejmowało Operację Bootstrap, plan połączenia lokalnej siły roboczej i inwestycji zagranicznych poprzez pobudzenie industrializacji opartej na eksporcie; wysiłki Fomento w celu promowania przemysłu petrochemicznego i zaawansowanych technologii w latach 60-tych; oraz wysokie wydatki rządowe na programy opieki społecznej. W 1994 r. rząd utworzył Radę Handlu Zagranicznego, aby stymulować inwestycje zagraniczne i zachęcać do eksportu. Rada zajmowała się głównie udzielaniem wsparcia małym przedsiębiorstwom, które miały potencjał do eksportowania towarów na rynki zagraniczne. Portoryko było pierwszą gospodarką na świecie, która uprzemysłowiła się w oparciu o program, który w pełni opierał się na eksporcie, a Portoryko nadal koncentruje swoje wysiłki na gospodarce eksportowej, wzmacniając swój wizerunek jako idealnego miejsca dla turystyki i biznesu.

Ponieważ nie ma oficjalnego przedstawicielstwa w rządzie Stanów Zjednoczonych, Portorykańczycy na wyspie nie płacą podatków federalnych, chociaż posiadają obywatelstwo amerykańskie. Podatki celne i akcyza od importu i eksportu trafiają do skarbu federalnego. Wyspa ma również programy opieki społecznej podobne do tych w Stanach Zjednoczonych. Obecnie, bardziej niż kiedykolwiek, rząd Stanów Zjednoczonych odgrywa dużą rolę w gospodarce Portoryko, dzięki zachętom i zwolnieniom podatkowym, bezcłowemu dostępowi oraz zachętom płacowym i infrastrukturalnym, które zachęcają duże amerykańskie firmy i korporacje do inwestowania w gospodarkę wyspy. Jako wspólnota narodowa Stanów Zjednoczonych, Portoryko kontroluje jedynie swoje sprawy wewnętrzne; rząd federalny Stanów Zjednoczonych kontroluje wszystkie międzystanowe i międzynarodowe stosunki handlowe. Wyspa nie posiada własnego wojska, więc, w przeciwieństwie do większości krajów Ameryki Łacińskiej, wojsko nie sprawuje kontroli nad gospodarką. The

system podatkowy wyspy jest niezależny od systemu podatkowego Stanów Zjednoczonych, przy czym ustawodawca Stanów Zjednoczonych decyduje o tym, jak wydawane są dochody z podatków.