System czyszczenia podłogowego jest projektowany przed skonstruowaniem lub wyprodukowaniem basenu, w zależności od jego wnętrza. Składa się z serii głowic, które wyskakują w podłodze i stopniach basenu. Ich zadaniem jest kierowanie brudu i zanieczyszczeń w kierunku punktu spustowego w podłodze, zwykle znajdującego się w głębokim końcu basenu. Po usunięciu zanieczyszczeń z punktu spustowego przez pompę, zazwyczaj przechodzą one do systemu filtracji, gdzie zostają uwięzione.
W basenach z liśćmi, istnieje dodatkowy pierwotny punkt cedzenia, który wyłapuje ciężką materię liści przed systemem filtracji, co uwolni skrzynkę skimmera i umożliwi odtłuszczanie liści z powierzchni basenu. Każdy system musi być zaprojektowany indywidualnie, ponieważ każdy basen ma zazwyczaj inny kształt i rozmiar. System ten pomaga również w dystrybucji chemikaliów i cyrkulacji ciepła w całym basenie. Niektóre systemy polegają wyłącznie na pompie filtrującej do ich napędzania, a inne wymagają oddzielnej pompy do obsługi systemu czyszczącego.