Diagnozę gorączki doliny można potwierdzić poprzez:

• mikroskopową identyfikację sferuli grzybów w zakażonej tkance, plwocinie lub próbce płynu ustrojowego
• wyhodowanie kultury coccidioides spp. z próbki tkanki, plwociny lub płynu ustrojowego
• wykrycie przeciwciał (testy serologiczne specyficzne dla gorączki doliny) przeciwko grzybowi w surowicy krwi lub innych płynach ustrojowych

Diagnozę kokcydioidomikozy podejrzewa się tylko wtedy, gdy wiadomo, że pacjent był narażony na chorobę poprzez podróż lub pobyt na obszarze endemicznym.

Jeśli wynik badania serologicznego na obecność przeciwciał gorączki doliny jest dodatni, laboratorium wykonuje miano.

• Miano jest pomiarem ilości lub stężenia przeciwciał, które pacjent wytwarza przeciwko grzybowi
• Przeciwciało jest białkiem, które jest wytwarzane przez układ odpornościowy pacjenta w odpowiedzi na antygen (grzyb)
• Przeciwciało jest w stanie połączyć się z antygenem i zneutralizować go

Miano uzyskuje się przez podwojenie rozcieńczeń krwi dodatniej (1:4, 1:8, 1:16, 1:32 . .), aż test będzie negatywny. Miano, które jest podawane lekarzowi jest ostatnim dodatnim rozcieńczeniem.

Pomimo, że dodatnie wyniki serologiczne prawie zawsze oznaczają, że pacjent ma gorączkę doliny, jedna trzecia lub więcej pacjentów z gorączką doliny może w rzeczywistości mieć wyniki ujemne. Dlatego może być konieczne okresowe powtarzanie badań serologicznych.

Testy skórne na gorączkę doliny (kokcydiobójcze lub sferulinowe)

wskazują na wcześniejszą ekspozycję na grzyba, ale ponieważ reaktywność trwa przez całe życie, testy skórne nie są szczególnie pomocne w diagnozowaniu aktualnego zakażenia. Testy skórne są ponownie dostępne w handlu, od lipca 2014 r.

Rutynowe prześwietlenia klatki piersiowej

powszechnie wykrywają jamy gorączki doliny u osoby bez objawów i która może być nieświadoma, że miała gorączkę doliny.

.