A Guerra Civil acabou com a economia das plantações e Sapelo tornou-se o lar de uma grande comunidade afro-americana durante os períodos de Reconstrução e pós guerra. A William Hillery Company, uma sociedade de homens livres, comprou terras na Raccoon Bluff já em 1871. Com o tempo, muitos dos ex-escravos compraram terras em Sapelo e estabeleceram assentamentos permanentes, incluindo Hog Hammock, Raccoon Bluff, Shell Hammock, Belle Marsh e Lumber Landing. A Primeira Igreja Batista Africana foi organizada em 1866 em Hanging Bull, acabando por se mudar para Raccoon Bluff, que também era o local de uma escola negra. Os negros de Sapelo se dedicavam à agricultura de subsistência, à extração de madeira e de ostras no estuário do Rio Duplin. A maior parte de Sapelo foi vendida por descendentes de Spalding após a Guerra Civil.

Em 1912, o engenheiro automotivo Howard E. Coffin (1873-1937), de Detroit, consolidou as várias propriedades em Sapelo e comprou toda a ilha, com exceção das comunidades negras, por $150.000. A Coffin foi proprietária da Sapelo durante vinte e dois anos. Ele reconstruiu a mansão da extremidade sul em uma das casas mais palacianas da costa de 1922-25, sendo esta uma estrutura tabby-stucco originalmente construída pela Spalding em 1810. Caixão envolvido na agricultura em larga escala, serração e colheita de frutos do mar. Ele também construiu estradas, perfurou poços artesianos e acrescentou outros melhoramentos à ilha. Muitos visitantes distintos foram convidados dos Caixões em Sapelo, incluindo dois presidentes, Calvin Coolidge (1928) e Herbert Hoover (1932), e o aviador Charles A. Lindbergh (1929). Durante este período, Coffin e seu jovem primo, Alfred W. Jones, estabeleceram o Cloister resort na vizinha Sea Island.

Em 1934, devido a reviravoltas financeiras causadas pela Depressão, Coffin vendeu Sapelo ao herdeiro de tabaco da Carolina do Norte Richard J. Reynolds, Jr. (1906-1964). Reynolds utilizou a ilha como residência em part-time durante trinta anos. A contribuição mais importante de Reynolds foi o estabelecimento da Sapelo Island Research Foundation e o fornecimento das instalações e outros apoios para o University of Georgia Marine Institute, iniciado em 1953. A viúva de Reynolds, Annemarie Schmidt Reynolds, vendeu o Sapelo ao estado da Geórgia em duas transações separadas em 1969 e 1976, a venda posterior resultando na criação da Sapelo Island National Estuarine Research Reserve, uma parceria estadual-federal entre o Departamento de Recursos Naturais da Geórgia e a National Oceanic and Atmospheric Administration.