As causas da alopecia areata são complexas e não são bem compreendidas. Uma combinação de factores que provavelmente estão subjacentes à doença, incluindo alterações em muitos genes que funcionam no cabelo e na pele e no sistema imunitário.

Alopecia areata é uma de um grande grupo de doenças do sistema imunitário classificadas como doenças auto-imunes. Normalmente, o sistema imunológico protege o corpo de invasores estrangeiros, tais como bactérias e vírus, reconhecendo e atacando esses invasores e limpando-os do corpo. Nos distúrbios auto-imunes, o sistema imunológico funciona mal e ataca os próprios tecidos do corpo. Por razões que não são claras, na alopecia areata o sistema imunitário visa os folículos pilosos, impedindo o crescimento do pêlo. Contudo, a condição não danifica permanentemente os folículos, razão pela qual o pêlo pode mais tarde voltar a crescer.

Muitos dos genes que têm sido associados com alopecia areata participam na resposta imunológica do corpo. Estes incluem vários genes pertencentes a uma família genética chamada complexo de antígeno leucocitário humano (HLA). O complexo HLA ajuda o sistema imunológico a distinguir as proteínas do próprio corpo das proteínas feitas por invasores estrangeiros. Cada gene HLA tem muitas variações diferentes, permitindo ao sistema imunitário de cada pessoa reagir a uma vasta gama de proteínas estranhas. Certas variações nos genes HLA provavelmente contribuem para a resposta imunológica inadequada que visa os folículos capilares que levam à alopecia areata. Genes do sistema imunológico fora do complexo HLA, como vários genes envolvidos na inflamação, também têm sido associados a alopecia areata.

Algumas das variações genéticas associadas com alopecia areata foram identificadas em pessoas com outras doenças auto-imunes, o que sugere que este grupo de doenças pode compartilhar alguns fatores de risco genético. As pessoas com alopecia areata têm um risco aumentado de desenvolver outras doenças auto-imunes, incluindo vitiligo, lúpus eritematoso sistémico, dermatite atópica, asma alérgica e doenças auto-imunes da tiróide (como a tiroidite Hashimoto e a doença de Graves). Da mesma forma, as pessoas com essas doenças auto-imunes têm um risco aumentado de desenvolver alopecia areata.

Em muitos casos, desconhece-se o que desencadeia a queda de cabelo nas pessoas com alopecia areata. É possível que fatores ambientais, como estresse emocional, lesão física ou doença, provoquem uma resposta imunológica anormal em pessoas que estão em risco. Contudo, na maioria das pessoas afectadas, o início da queda de cabelo não tem uma explicação clara.