A estrutura do governo porto-riquenho é semelhante à dos Estados Unidos, com poderes executivo, legislativo e judicial. A ilha tem um governador e um comissário residente que tem um assento sem direito a voto na Câmara dos Deputados dos Estados Unidos. O governador, o Senado com 28 assentos e a Câmara dos Deputados com 54 assentos são eleitos popularmente para mandatos de 4 anos. Membros da Suprema Corte e dos tribunais inferiores são nomeados pelo governador com o consentimento do Senado.

Os 4 principais partidos políticos diferem principalmente em suas opiniões sobre se Porto Rico deve mudar sua relação com os Estados Unidos. O Partido Pró-Estado Novo Progressivo enfatiza que a ilha já é economicamente dependente dos Estados Unidos e acredita que fazer da ilha um estado ganharia sua representação em Washington. O Partido Popular Democrático enfatiza os incentivos econômicos de que a ilha desfruta sob seu status de Commonwealth, incluindo a isenção de impostos federais e incentivos ao investimento estrangeiro. Os dois outros grandes partidos, o Partido da Independência de Porto Rico e o Partido Socialista Porto Rico, defendem a independência do estado da ilha. Estes últimos partidos são muito menores e menos significativos.

O governo porto-riquenho está fortemente envolvido na sua economia. Fomento, a Corporação de Desenvolvimento Econômico da ilha, estimula e orienta o crescimento econômico. Desde a década de 1950, o envolvimento do governo em assuntos econômicos inclui a Operação Bootstrap, um plano para misturar mão-de-obra local e investimento estrangeiro, impulsionando a industrialização com base nas exportações; os esforços de Fomento para promover petroquímicas e indústrias de tecnologia avançada na década de 1960; e os altos gastos do governo em programas de bem-estar social. Em 1994, o governo criou a Junta de Comércio Exterior para estimular o investimento estrangeiro e incentivar as exportações. O conselho preocupou-se principalmente em dar apoio às pequenas empresas que tinham potencial para exportar bens para os mercados estrangeiros. Porto Rico foi a primeira economia do mundo a ser industrializada em torno de um programa que dependia totalmente das exportações, e Porto Rico continua a concentrar seus esforços em uma economia para exportação, reforçando sua imagem como um local ideal para o turismo e os negócios.

Como não há representação oficial no governo dos Estados Unidos, os cidadãos porto-riquenhos da ilha não pagam impostos federais, embora gozem de cidadania americana. Os impostos alfandegários e impostos de consumo sobre importações e exportações vão para o tesouro federal. A ilha também tem programas de assistência social semelhantes aos dos Estados Unidos. Hoje, mais do que nunca, o governo dos EUA desempenha um papel importante na economia de Porto Rico, por meio de incentivos e isenções fiscais, acesso livre de impostos e incentivos salariais e de infraestrutura que incentivam grandes empresas e corporações americanas a investir na economia da ilha. Como comunidade americana, Porto Rico controla apenas seus assuntos internos; o governo federal dos EUA controla todas as relações comerciais interestaduais e internacionais. A ilha não tem militares próprios, portanto, ao contrário da situação na maior parte da América Latina, os militares não exercem controle sobre a economia. A

o sistema fiscal da ilha é independente do sistema fiscal dos EUA, com o legislador americano a decidir como as receitas fiscais são gastas.