Whitfield a fost recrutat în primul tur (al optulea la general) al NFL Draft din 1992 de către Atlanta Falcons. El a jucat pentru Falcons în perioada 1992-2003 înainte de a fi eliberat de echipă. El a jucat apoi pentru Jacksonville Jaguars în sezonul 2004. Whitfield, un Pro Bowl’er din 1999, a fost o piesă fixă în linia ofensivă a celor de la Falcons, care au terminat cu 14-2 în sezonul regulat. Echipa a reușit să-i învingă pe Minnesota Vikings în meciul de campionat NFC și a avansat la Super Bowl XXXIII. Whitfield a urmat cursurile Universității Stanford, unde a fost un student-atlet All-America consensual în sezonul junior. Deși a plecat mai devreme din draft, Bob s-a întors la universitate pentru a obține o diplomă de licență în economie în 2012. El a fost inclus în Stanford Sports Hall of Fame în 2012.

Whitfield a început pentru New York Giants ca fundaș stânga în timpul sezonului 2006, înlocuindu-l după ce titularul Luke Petitgout s-a accidentat. Perioada în care a fost titular a fost marcată de două episoade în care și-a pierdut cumpătul și a atras greșeli personale costisitoare, de două ori la lovituri de cap în locuri cheie împotriva celor de la Dallas Cowboys și mai târziu într-o înfrângere în săptămâna 16 împotriva celor de la New Orleans Saints. Aceste acțiuni l-au făcut să primească porecla „Head-butt Bob” din partea multor fani Giant, precum și a cronicarilor locali. Din cauza acestor acțiuni și a jocului inconstant în general, Whitfield a fost pus pe bancă pentru ultimul meci al sezonului împotriva celor de la Washington Redskins și pentru meciul următor din playoff împotriva celor de la Philadelphia Eagles.

La 12 februarie 2007, el și-a anunțat retragerea la radio Sirius NFL.

.