Războiul Civil a pus capăt economiei de plantație, iar Sapelo a devenit casa unei mari comunități afro-americane în timpul Reconstrucției și al perioadei postbelice. Compania William Hillery, un parteneriat de oameni eliberați, a cumpărat teren la Raccoon Bluff încă din 1871. De-a lungul timpului, mulți dintre foștii sclavi au cumpărat terenuri pe Sapelo și au înființat așezări permanente, inclusiv Hog Hammock, Raccoon Bluff, Shell Hammock, Belle Marsh și Lumber Landing. Prima biserică baptistă africană a fost organizată în 1866 la Hanging Bull, care s-a mutat în cele din urmă la Raccoon Bluff, unde se afla și o școală pentru negri. Negrii din Sapelo s-au angajat în agricultura de subzistență, în exploatarea lemnului și în recoltarea de stridii în estuarul râului Duplin. Cea mai mare parte din Sapelo a fost vândută de către descendenții lui Spalding după Războiul Civil.

În 1912, inginerul auto din Detroit Howard E. Coffin (1873-1937) a consolidat diferitele exploatații de pe Sapelo și a cumpărat întreaga insulă, cu excepția comunităților de negri, pentru 150.000 de dolari. Coffin a deținut Sapelo timp de douăzeci și doi de ani. El a reconstruit conacul din capătul sudic într-una dintre cele mai somptuoase case de pe coastă în perioada 1922-25, aceasta fiind o structură tabby-stucco construită inițial de Spalding în 1810. Coffin s-a angajat în agricultură pe scară largă, în tăierea de cherestea și în recoltarea fructelor de mare. De asemenea, a construit drumuri, a forat puțuri arteziene și a adăugat alte îmbunătățiri pe insulă. Mulți vizitatori de marcă au fost oaspeții familiei Coffins pe Sapelo, inclusiv doi președinți, Calvin Coolidge (1928) și Herbert Hoover (1932), și aviatorul Charles A. Lindbergh (1929). În această perioadă, Coffin și tânărul său văr, Alfred W. Jones, au înființat stațiunea Cloister pe Insula Sea din apropiere.

În 1934, din cauza reversurilor financiare provocate de Depresiune, Coffin a vândut Sapelo moștenitorului tutunului din Carolina de Nord, Richard J. Reynolds, Jr. (1906-1964). Reynolds a utilizat insula ca reședință cu jumătate de normă timp de treizeci de ani. Cea mai importantă contribuție a lui Reynolds a fost înființarea Fundației de Cercetare a Insulei Sapelo și asigurarea facilităților și a altor forme de sprijin pentru Institutul Marin al Universității din Georgia, început în 1953. Văduva lui Reynolds, Annemarie Schmidt Reynolds, a vândut Sapelo statului Georgia în două tranzacții separate, în 1969 și 1976, ultima vânzare ducând la crearea Rezervației Naționale de Cercetare Estuariană a Insulei Sapelo, un parteneriat stat-federal între Departamentul de Resurse Naturale din Georgia și Administrația Națională Oceanică și Atmosferică.

.