Structura guvernului portorican este similară cu cea a Statelor Unite, cu ramuri executive, legislative și judiciare. Insula are un guvernator și un comisar rezident care are un loc fără drept de vot în Camera Reprezentanților a SUA. Guvernatorul, Senatul, cu 28 de locuri, și Camera Reprezentanților, cu 54 de locuri, sunt aleși în mod popular pentru mandate de 4 ani. Membrii Curții Supreme și ai instanțelor inferioare sunt numiți de guvernator cu acordul Senatului.

Cele 4 partide politice majore diferă în principal în ceea ce privește opiniile lor cu privire la faptul dacă Puerto Rico ar trebui să își schimbe relația cu Statele Unite. Partidul Noul Partid Progresist, pro-statalitate, subliniază faptul că insula este deja dependentă din punct de vedere economic de Statele Unite și consideră că transformarea insulei în stat i-ar aduce reprezentare la Washington. Partidul Popular Democrat pune accentul pe stimulentele economice de care se bucură insula datorită statutului de commonwealth, inclusiv scutirea de taxe federale și stimulentele pentru investiții străine. Celelalte 2 partide majore, Partidul Independenței Portoricane și Partidul Socialist Portorican, pledează pentru independența statului insular. Aceste din urmă partide sunt mult mai mici și mai puțin semnificative.

Guvernul portorican este puternic implicat în economia sa. Fomento, Corporația de Dezvoltare Economică a insulei, stimulează și ghidează creșterea economică. Începând cu anii 1950, implicarea guvernului în afacerile economice a inclus Operațiunea Bootstrap, un plan de combinare a forței de muncă locale și a investițiilor străine prin stimularea industrializării bazate pe exporturi; eforturile Fomento de a promova industria petrochimică și industriile de tehnologie avansată în anii 1960; și cheltuielile guvernamentale ridicate în programele de asistență socială. În 1994, guvernul a creat Consiliul de Comerț Exterior pentru a stimula investițiile străine și a încuraja exporturile. Consiliul a fost preocupat în principal de acordarea de sprijin întreprinderilor mici care aveau potențialul de a exporta bunuri pe piețele externe. Cea din Puerto Rico a fost prima economie din lume care s-a industrializat în jurul unui program care se baza în totalitate pe exporturi, iar Puerto Rico continuă să își concentreze eforturile pe o economie pentru export, consolidându-și imaginea de locație ideală pentru turism și afaceri.

Deoarece nu există o reprezentare oficială în guvernul SUA, cetățenii portoricani de pe insulă nu plătesc taxe federale, deși se bucură de cetățenia americană. Taxele vamale și accizele pe importuri și exporturi merg la trezoreria federală. Insula are, de asemenea, programe de asistență socială similare cu cele din Statele Unite. Astăzi, mai mult ca oricând, guvernul SUA joacă un rol important în economia Puerto Rico, prin intermediul stimulentelor și scutirilor fiscale, al accesului fără taxe vamale și al stimulentelor salariale și de infrastructură care încurajează marile firme și corporații americane să investească în economia insulei. Fiind un commonwealth american, Puerto Rico își controlează doar afacerile interne; guvernul federal al SUA controlează toate relațiile comerciale interstatale și internaționale. Insula nu are o armată proprie, astfel încât, spre deosebire de situația din cea mai mare parte a Americii Latine, armata nu exercită niciun control asupra economiei. Comunicațiile

sistemul fiscal al insulei este independent de sistemul fiscal american, legislativul american hotărând cum sunt cheltuite veniturile fiscale.