La jugabilidad de Brave Frontier es similar a la de Valkyrie Profile de Square Enix. La historia se centra en el invocador sin nombre y los jugadores tienen que completar cada etapa para acceder a una nueva área. Los jugadores pueden llevar hasta 5 unidades en cada etapa con una unidad «amiga» en el modo de búsqueda. Los jugadores hacen amigos a través de la solicitud de amistad. Atacar a las unidades en una batalla recompensa al jugador con Cristales de Ráfaga Valiente, y Cristales de Corazón. Después de derrotar a un enemigo, el jugador pasa a la siguiente fase hasta llegar al jefe, que es necesario para completar un nivel. Tras completarlo, los jugadores son recompensados con Zel, Karma y objetos, además de adquirir unidades de cada misión. Cuando los jugadores completen toda la zona, serán recompensados con una gema. Sin embargo, si los jugadores fracasan en una misión, utilizarán una gema para continuar. Las unidades tienen la capacidad de ejecutar ataques especiales, conocidos como Brave Bursts. Cuando se activan, la unidad utiliza un poderoso ataque. Los Brave Bursts también pueden proporcionar un aumento en los puntos de salud o aumentar las estadísticas generales para obtener una ventaja contra los enemigos. Las Ráfagas Valientes también se pueden ejecutar, pero sólo si la unidad tiene un rango de 6 estrellas y ha alcanzado el máximo de su indicador de Ráfagas Valientes. Otra versión, llamada Ráfagas Valientes Definitivas, puede ser utilizada por unidades de 7 estrellas y Omni Evolución después de llenar el medidor de Ráfagas Valientes. Las unidades Omni Evolución pueden personalizar sus habilidades, así como añadir efectos a sus Ráfagas Valientes, Súper Ráfagas Valientes y Ráfagas Valientes Definitivas a través de Mejoras al fusionar otras unidades con las Unidades Omni Evolución. Las Unidades de Omni Evolución también pueden hacer Resonancias que requieren que dos unidades del mismo elemento de Omni Evolución hagan chispas entre sí.

Además de las misiones, el jugador también puede fusionar unidades con las obtenidas en cada misión para subirlas de nivel. Una vez que una unidad está en su nivel máximo, es ahora capaz de evolucionar. Los requisitos para evolucionar las unidades elegibles son diferentes. Además, cada unidad tiene su propia clasificación, siendo la Evolución Omni la más alta. Los jugadores pueden obtener más unidades a través de las Invocaciones de Honor y las Invocaciones Raras, que requieren que los jugadores usen gemas y Puntos de Honor para invocar unidades. Los jugadores pueden vender unidades por zel o equiparlas con Esferas y por Gemas a través de micro transacciones. Los objetos también pueden sintetizarse en objetos útiles, como pociones, tónicos y reanimaciones. Las esferas también se fabrican de la misma manera, para aumentar las estadísticas generales de una unidad. La ciudad proporciona una gran cantidad de artículos utilizados para estos, algunos artículos deben ser obtenidos a través de mazmorras despejadas por el jugador. Otra cosa es que la ciudad puede proporcionar artículos más importantes si el jugador mejora cada uno de los establecimientos utilizando el karma.

Brave Frontier tiene misiones de evento disponibles dentro de la Puerta del Vórtice, lo que permite a los jugadores obtener unidades evolutivas, Zel o unidades raras promocionales que no se encuentran en las Invocaciones Raras. Ciertas mazmorras, como Metal Parades, Jewel Parades y Imp Parades requieren llaves para desbloquearlas durante un tiempo limitado. Los eventos del juego se encuentran en la Puerta del Vórtice, y los jugadores serán recompensados con una unidad gratuita si los completan. Los jugadores pueden retarse en la arena y ganar premios por alcanzar un determinado rango. El juego también cuenta con pruebas de cazador de frontera, que permiten a los jugadores aumentar su rango de cazador, batallas de incursión, una función de máquina tragaperras, minijuegos, misiones diarias y una gran misión.