El sistema de raíces de un cactus saguaro es igualmente impresionante. El cactus enviará una gran raíz pivotante única directamente hacia abajo en el suelo a una profundidad de unos 5 pies. Esta raíz pivotante da al cactus acceso al agua que se almacena en el subsuelo. Las raíces principales del cactus saguaro son bastante diferentes. El cactus envía una enorme serie de raíces laberínticas muy cerca de la superficie. En promedio, estas raíces se encuentran a menos de 3 pulgadas de la superficie, lo que permite al cactus recoger fácilmente cualquier lluvia que pueda caer.

Muy poca agua se utiliza al instante. En su lugar, la mayor parte del agua recogida acaba siendo almacenada en el interior del cactus para utilizarla durante los periodos de sequía. El interior del cactus está lleno de un tejido similar a una esponja, que se utiliza para retener el agua. A medida que se almacena más y más agua, la piel del cactus comienza a expandirse, haciendo espacio para más almacenamiento. Como resultado, el cactus saguaro puede llegar a ser bastante pesado a medida que se almacena más y más agua. A plena capacidad, un pie de cactus saguaro puede pesar más de 90 libras, y un saguaro de altura completa puede pesar más de una tonelada.

El cactus saguaro producirá flores durante el final de la primavera y el principio del verano. En años promedio, la floración ocurre entre abril y junio. Las flores son de color blanco lechoso y emiten un néctar dulce que atrae a múltiples especies de murciélagos. Estos murciélagos se dan un festín con el néctar de las flores y actúan como polinizadores del cactus saguaro. A medida que el cactus produzca frutos, los murciélagos comenzarán a comerlos y, a su vez, ayudarán a esparcir las semillas del saguaro por el desierto.