Le gameplay de Brave Frontier est similaire à celui de Valkyrie Profile de Square Enix. Le scénario se concentre sur l’invocateur sans nom et les joueurs doivent terminer chaque étape pour accéder à une nouvelle zone. Les joueurs sont autorisés à emmener jusqu’à 5 unités dans chaque étape avec une unité « amie » en mode quête. Les joueurs se font des amis par le biais de demandes d’amis. En attaquant des unités au cours d’une bataille, le joueur est récompensé par des cristaux d’éclat de bravoure et des cristaux de cœur. Après avoir vaincu un ennemi, le joueur passe à l’étape suivante jusqu’au boss, qui est nécessaire pour terminer un niveau. Après avoir terminé, les joueurs sont récompensés par des Zel, des Karma et des objets, ainsi que par l’acquisition d’unités lors de chaque mission. Lorsque les joueurs terminent la zone entière, ils sont récompensés par une gemme. Cependant, si les joueurs échouent une quête, ils utilisent une gemme pour continuer. Les unités ont la capacité d’exécuter des attaques spéciales, appelées Brave Bursts. Lorsqu’elle est activée, l’unité utilise une attaque puissante. Les éclats de bravoure peuvent également donner un coup de pouce aux points de vie ou augmenter les statistiques générales pour obtenir un avantage sur les ennemis. Les Super Brave Bursts peuvent également être exécutés, mais seulement si l’unité a un rang de 6 étoiles et a maximisé sa jauge de Brave Burst. Une autre version, appelée Ultimate Brave Bursts, peut être utilisée par les unités de rang 7 étoiles et Omni Evolution après avoir rempli la jauge Overdrive. Les unités de l’Omni Evolution sont capables de personnaliser leurs capacités, ainsi que d’ajouter des effets à leur Brave Burst, Super Brave Burst et Ultimate Brave Burst grâce à des améliorations résultant de la fusion d’autres unités avec les unités de l’Omni Evolution. Les unités Omni Evolution peuvent également faire des Résonances qui nécessitent que deux unités Omni Evolution du même élément fassent des étincelles l’une avec l’autre.
En dehors des quêtes, le joueur peut également fusionner des unités avec celles obtenues dans chaque mission afin de les faire monter en niveau. Une fois qu’une unité est maintenant dans son niveau max, est elle maintenant capable d’évoluer. Les conditions requises pour faire évoluer les unités éligibles sont différentes. Chaque unité a également son propre classement, l’Omni Evolution étant la plus élevée. Les joueurs peuvent obtenir plus d’unités grâce aux invocations d’honneur et aux invocations rares, qui nécessitent l’utilisation de gemmes et de points d’honneur pour invoquer des unités. Les joueurs peuvent vendre des unités pour des zels ou les équiper de sphères et de gemmes par le biais de micro transactions. Les objets peuvent également être synthétisés en objets utiles, comme des potions, des toniques et des revivifiants. Les sphères sont également fabriquées de la même manière, pour augmenter les statistiques globales d’une unité. La ville fournit un grand nombre d’objets utilisés à cette fin, certains devant être obtenus dans des donjons franchis par le joueur. Une autre chose est que la ville peut fournir des objets plus importants si le joueur améliore chaque établissement en utilisant le karma.
Brave Frontier a des quêtes événementielles disponibles à l’intérieur de la porte du Vortex, permettant aux joueurs d’obtenir des unités évolutives, des unités rares Zel ou promotionnelles qui ne se trouvent pas dans les invocations rares. Certains donjons, comme les Parades de métal, les Parades de bijoux et les Parades de diablotins, nécessitent des clés pour être débloqués pendant une durée limitée. Les événements en jeu se trouvent dans la Porte du Vortex, et les joueurs seront récompensés par une unité gratuite s’ils y participent. Les joueurs peuvent se défier dans l’arène et gagner des prix en atteignant un certain rang. Le jeu propose également des épreuves de chasseur de frontière, permettant aux joueurs d’augmenter leur rang de chasseur, des batailles de raid, une fonctionnalité de machine à sous, des mini-jeux, des missions quotidiennes et une grande quête.