L’énorme épidémie d’Ebola qui a frappé l’Afrique de l’Ouest entre 2013 et 2016 a pris le monde par surprise. Le virus n’avait jamais été découvert dans la région ; toutes les épidémies d’Ebola précédentes avaient eu lieu dans des pays d’Afrique centrale ou au Soudan. Et cela a posé un mystère : D’où venait le virus, appelé Ebola Zaïre ?

A présent, les scientifiques ont peut-être une réponse. Près de l’embouchure d’un puits de mine abandonné au Liberia, ils ont attrapé une chauve-souris probablement infectée par le virus Ebola Zaïre. Les chercheurs n’ont pas isolé le virus lui-même mais ont trouvé environ un cinquième de son génome dans l’animal ; il est trop tôt pour dire s’il s’agit exactement de la même souche que celle qui a ravagé la région. Néanmoins, « il s’agit d’une nouvelle piste importante qui devrait faire l’objet d’un suivi approfondi », déclare Fabian Leendertz, épidémiologiste vétérinaire à l’Institut Robert Koch de Berlin, qui n’a pas participé aux travaux.

La découverte jette également un nouvel éclairage sur l’histoire naturelle d’Ebola, qui a déconcerté les scientifiques pendant des décennies, déclare Jon Epstein, épidémiologiste vétérinaire à EcoHealth Alliance à New York et membre du consortium PREDICT qui a fait la découverte. « C’est vraiment notre première preuve de la présence d’une chauve-souris porteuse du virus Ebola Zaïre dans la région », explique M. Epstein. « Cela nous permet de regarder plus en profondeur et d’essayer de comprendre d’où vient ce virus. »

Les résultats doivent encore être publiés ; ils ont été annoncés aujourd’hui par Tolbert Nyenswah, directeur de l’Institut national de santé publique du Liberia, lors d’une conférence de presse à Monrovia. Le gouvernement libérien et les autres partenaires du PREDICT « ont estimé qu’il s’agissait d’une découverte importante à présenter au public, indépendamment d’une publication scientifique », explique Simon Anthony, membre de l’équipe et virologue à l’université Columbia.

Cela reflète à quel point le sujet est émotionnel. Au Liberia, un pays d’environ 4 millions d’habitants, le virus a rendu malade plus de 10 000 personnes et en a tué près de la moitié ; 6 500 autres personnes sont mortes en Sierra Leone et en Guinée. De nombreuses personnes en Afrique de l’Ouest craignent un retour du virus. Un communiqué de presse du ministère libérien de la santé et de la protection sociale souligne aujourd’hui – trois fois, en caractères gras – qu’il n’y a pas de cas humain d’Ebola connu dans le pays pour le moment. (Une épidémie distincte d’Ebola Zaïre dans la région du Kivu de la République démocratique du Congo, à des milliers de kilomètres de là, a tué plus de 400 personnes depuis août 2018 et est devenue la deuxième plus grande épidémie du virus jamais enregistrée.)

Les fragments d’ARN viral ont été trouvés dans un écouvillon oral d’une grande chauve-souris à longs doigts (Miniopterus inflatus), capturée en 2016 dans le district de Sanniquellie-Mahn au Liberia, qui fait frontière avec la Guinée. Cette chauve-souris, qui vit dans de nombreuses régions d’Afrique, se perche dans des grottes et se nourrit d’insectes. Les scientifiques avaient précédemment trouvé deux autres espèces d’Ebola chez une chauve-souris insectivore apparentée, M. schreibersii. Cependant, la plupart des autres preuves ont désigné les chauves-souris frugivores comme étant les porteurs du virus Ebola Zaïre, indique M. Epstein. « Ce que cela me dit vraiment, c’est que c’est un virus qui a de multiples hôtes, et qu’il pourrait dépendre régionalement de l’espèce qui le porte.

C’est une nouvelle piste importante et elle devrait être suivie de manière extensive.

Leendertz convient que l’idée d’une seule espèce réservoir est probablement trop simple. La situation pourrait s’avérer similaire à la grippe aviaire, qui est maintenue dans la nature par diverses espèces de canards et d’échassiers, explique Vincent Munster, écologiste des virus au Rocky Mountain Laboratories de l’Institut national des allergies et des maladies infectieuses à Hamilton, dans le Montana.

Une prochaine étape pourrait consister à échantillonner les insectes dont se nourrissent les chauves-souris aux doigts plus longs, indique Leendertz. « L’une des questions soulevées par cette découverte est de savoir si l’échantillon positif indique vraiment une chauve-souris infectée ou pourrait également provenir d’un insecte porteur du virus que la chauve-souris a mangé », dit-il.

L’année dernière, l’équipe PREDICT a annoncé la découverte d’une toute nouvelle espèce d’Ebolavirus, provisoirement nommée Bombali et sans rapport avec l’épidémie, chez des chauves-souris en Sierra Leone. L’équipe « commence vraiment à faire la lumière sur les réservoirs naturels d’Ebolavirus et l’origine de cette épidémie dévastatrice », déclare Munster.

Cette quête a été incroyablement difficile. Ailleurs en Afrique, les scientifiques ont passé des décennies à chercher les réservoirs naturels d’Ebola, avec peu de résultats à montrer jusqu’à présent. Pour le projet actuel, financé par l’Agence américaine pour le développement international, Anthony a testé plus de 11 000 échantillons provenant de chauves-souris, de rongeurs et d’animaux domestiques en Afrique de l’Ouest. Le résultat annoncé aujourd’hui est le seul test positif jusqu’à présent.

Même celui-ci n’était pas exactement tranché ; les tests étaient initialement ambivalents quant à la présence du virus. À un moment donné, Anthony dit : « J’ai un peu pensé, ce n’est pas réel ». Il n’a réussi à récupérer qu’environ 20 % du génome complet d’Ebola Zaïre, mais ces fragments étaient plus similaires à la souche qui a provoqué l’épidémie en Afrique de l’Ouest qu’à toute autre souche. L’équipe espère trouver davantage de virus dans un autre échantillon de l’écouvillon qui est toujours dans le congélateur.

La découverte suggère que d’autres épidémies pourraient être en cours en Afrique de l’Ouest, dit Munster. Elle « devrait constituer un appel urgent à renforcer l’infrastructure générale des soins de santé » dans la région, dit-il, notamment en investissant dans la formation du personnel soignant et des scientifiques africains. Cette découverte devrait également renforcer les messages de santé publique visant à éviter tout contact direct avec les chauves-souris et à ne pas les chasser, les manger ou les tuer, selon M. Epstein. « La bonne nouvelle, c’est que ce n’est pas une espèce que l’on trouve généralement dans les habitations humaines », ajoute-t-il.