La directive sur les bactériémies du département de microbiologie

Ce document fournit des directives aux médecins sur la gestion des patients présentant des bactériémies confirmées (hémocultures). Ce document est complémentaire aux directives sur les antimicrobiens et doit être utilisé conjointement avec celles-ci.

Guide de référence rapide :

• But
• Contexte
• Diagnostic différentiel bactériologique
• Diagnostic différentiel clinique
• Questions techniques
• Traitement antimicrobien

La découverte d’un coccus ou d’un coccobacille à Gram négatif dans une hémoculture est inhabituelle. Le diagnostic différentiel pour les coccobacilles à Gram négatif en particulier est vaste et nécessite un examen systémique approfondi du patient. Veuillez contacter la microbiologie pour obtenir des conseils supplémentaires concernant les investigations et/ou le traitement après l’examen systémique, si nécessaire.

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Tache de Gram : Cocci Gram négatif &coccobacilles

Le but de cette directive est de :

• Fournir une formation aux registraires juniors en microbiologie
• Soutenir la communication des résultats de coloration de Gram par les microbiologistes aux médecins de salle
• Soutenir les médecins de salle dans le traitement et l’investigation des patients bactériémiques

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Contexte

Le processus d’hémoculture : Moments de la culture, identification, antibiogrammes et liaison clinique.
Comment utiliser ce guide : Soutenir l’interaction avec le personnel de microbiologie (ne pas remplacer l’interaction avec le personnel de microbiologie).

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Diagnostic différentiel bactériologique (directive Gram uniquement)

Les cocci et les coccobacilles à Gram négatif sont des résultats inhabituels dans les hémocultures et peuvent représenter un large éventail d’infections possibles lorsqu’ils sont observés.

Diagnostics bactériens possibles :

Neiserria spp : Cocci à Gram négatif qui se présentent seuls ou plus souvent par paires. Le plus préoccupant serait le neiserria meningitidis3

Moraxella spp : Coccobacilles Gram négatifs qui se développent par paires ou en courtes chaînes4.

Pasturella spp : Cellules Gram négatives qui peuvent être ovales, sphériques ou en forme de bâtonnets, qui se présentent seules, en paires ou en courtes chaînes5.

Haemophilus spp : Cellules pléomorphes à Gram négatif qui peuvent être sphériques, ovales ou en bâtonnets de longueur variable6.

Kingella spp : Bâtonnets courts à Gram négatif qui se développent souvent par paires ou en courtes chaînes6

Aggregatibacter spp : Coccobacille gram négatif ou bâtonnet court, bien que les bâtonnets prédominent souvent. Ils se présentent seuls ou par paires et plus rarement en courtes chaînes. Ils se colorent souvent de façon irrégulière. Certaines espèces produisent des formes filamenteuses6.

Cardiobacterium spp : Bâtonnets pléomorphes ou droits à coloration irrégulière, de longueur variable et aux extrémités arrondies, produisant parfois de longs filaments. Ils se présentent seuls, en paires, en chaînes courtes et en amas de rosettes6.

Eikenella spp : Petits bâtonnets minces à Gram négatif, qui peuvent être des coccobacilles6.

Acinetobacter spp : Coccobacilles à Gram négatif qui peuvent conserver une coloration au cristal violet (Gram positif) et ainsi apparaître à Gram variable. Ils peuvent être pléomorphes et peuvent devenir coccoïdes, apparaissant comme des diplocoques7.

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Diagnostic différentiel clinique

Ces organismes peuvent causer un large éventail d’infections de la tête aux pieds, y compris la méningite, l’endocardite infectieuse, la pneumonie, l’épiglottite (et d’autres infections des voies respiratoires supérieures), l’arthrite septique, l’ostéomyélite et les infections de la peau et des tissus mous.

Neiserria meningitidis est la cause de la septicémie et de la méningite à méningocoques.

Les autres Neiserria spp sont des organismes commensaux de l’homme ainsi que des pathogènes potentiels3.

Moraxella spp sont le plus souvent des pathogènes des voies respiratoires supérieures et inférieures, bien qu’ils soient rarement isolés des hémocultures. Les patients immunodéprimés sont à risque de devenir bactériémiques en association avec une pneumonie ou une infection des voies respiratoires supérieures par ces organismes. De rares cas d’infection de prothèse intra-vasculaire et d’endocardite infectieuse ont été rapportés4.

Pasturella spp sont le plus souvent associés à des infections de la peau et des tissus mous et plus rarement à une ostéomyélite ou une arthrite septique suite à une exposition à la salive de chien ou de chat (c’est-à-dire suite à une morsure ou à un contact avec un animal de compagnie).

Haemophilus spp est associé à un large éventail d’infections, notamment les infections des voies respiratoires supérieures et inférieures (y compris l’épiglottite), les infections du squelette, la méningite et la septicémie puerpérale. Haemophilus influenzae est la plus fréquente des espèces d’haemophilus pathogènes, et de loin la plus susceptible d’être isolée à partir d’hémocultures. La vaccination HiB a réduit l’incidence d’un grand nombre de ces infections : il convient de recueillir les antécédents de vaccination, en particulier chez les enfants, qui présentent un risque accru6.

Haemophilus spp, en particulier H. parainfluenzae sont des commensaux courants des voies respiratoires.

Les autres Haemophilus spp sont connus pour provoquer des endocardites infectieuses et font partie du groupe d’organismes HACEK*6.

Kingella spp est le plus souvent un agent pathogène des enfants de moins de 5 ans, provoquant des infections osseuses et articulaires et des bactériémies (50% ont des foyers squelettiques et 50% ont une source occulte, présumée être les voies respiratoires). Kingella kingae est le membre de l’espèce le plus souvent à l’origine d’infections du squelette, les arthrites septiques des grandes articulations portantes (genou, cheville) étant les plus fréquentes.

Les endocardites dues à Kingella spp peuvent être observées à tout âge (HACEK*). Les rapports de cas documentent une variété d’infections, y compris la pneumonie, l’épiglottite, la méningite, les infections des tissus mous et les infections oculaires6.

Aggregatibacter actinomycetemcomitans, aphrophilus et segnis sont des membres du groupe HACEK* d’organismes qui causent l’endocardite, le plus souvent chez les patients avec une maladie cardiaque valvulaire sous-jacente. Il s’agit d’organismes à croissance lente qui sont rarement isolés dans les hémocultures et qui peuvent être à l’origine d’endocardites « sans culture ». Les Aggregatibacter spp sont étroitement liés à Haemophilus spp6.

Cardiobacterium spp (C. hominis & C. valvarum) provoquent presque exclusivement des endocardites infectieuses (HACEK*), le plus souvent chez des patients présentant un défaut anatomique sous-jacent. Ils font partie de la flore normale du nez, de la bouche et de la gorge et se retrouvent occasionnellement sur d’autres muqueuses et dans le tube digestif6.

Eikenella corrodens fait partie de la flore normale de la bouche et des voies respiratoires supérieures et peut se retrouver sur d’autres muqueuses. Elle fait le plus souvent partie d’une infection mixte (généralement avec des streptocoques). Les infections peuvent être associées à des tumeurs malignes sous-jacentes de la tête et du cou. Elles sont également associées à des morsures humaines et à des infections des voies respiratoires supérieures. Les infections de la peau et des tissus mous peuvent être graves et peuvent être associées à une ostéomyélite sous-jacente. C’est un autre membre du groupe HACEK*, et il est normalement associé à une endocardite infectieuse indolente, bien que des cas aigus aient été signalés. L’endocardite est plus fréquente chez les personnes qui s’injectent des drogues ou celles qui ont des valves cardiaques anormales6.

Espèces d’Acinetobacter
Ces organismes sont des saprophytes que l’on trouve dans le sol et l’eau et qui peuvent coloniser la peau humide. Ils restent viables dans l’environnement pendant de longues périodes et ont été isolés d’objets inanimés dans l’environnement des patients. L’Acinetobacter baumanii est reconnu comme une infection opportuniste acquise à l’hôpital, affectant le plus souvent les patients en soins intensifs ou les brûlés et pouvant provoquer une bactériémie. Les sources les plus courantes sont les lignes et les voies respiratoires. A. baumanii est multirésistant et les choix de traitement doivent être revus à la lumière des tests de sensibilité et de l’identification de l’organisme. D’autres espèces d’Acinetobacter, plus sensibles, sont parfois isolées des hémocultures et peuvent souvent représenter une contamination par la flore environnementale au moment de la prise des cultures (une corrélation clinique est nécessaire)7,8.

*L’HACEK comprend un groupe d’organismes Gram négatif aérobies et anaérobies facultatifs morphologiquement similaires qui sont connus pour causer une endocardite infectieuse. Ce sont des organismes commensaux normaux de l’oropharynx et des voies respiratoires supérieures.

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Problèmes techniques

Spécificité/Maladies bactériologiques courantes:

Toutes les taches de gram donnent une idée provisoire de l’identification d’un organisme et nécessitent la croissance de l’organisme pour une identification complète. Ces organismes représentent des résultats inhabituels sur les taches de gramme des échantillons d’hémoculture. Beaucoup d’entre eux existent sous plus d’une forme et/ou se colorent de manière irrégulière et peuvent donc être identifiés par erreur. La croissance en culture permet d’effectuer d’autres tests biochimiques et moléculaires afin de confirmer l’identification.

Certains organismes sont connus pour être « Gram-variables », c’est-à-dire que leur absorption et leur rétention de la coloration ne sont pas constantes. Acinetobacter est l’un de ces organismes qui apparaîtra parfois comme un coccobacille gram-négatif (voir ci-dessus pour plus de détails).

Les bacilles gram-négatifs courts et gras peuvent parfois être interprétés à tort comme des cocco-bacilles, et cela peut inclure le groupe communément trouvé des « coliformes ».

L’interprétation de la coloration de Gram est ouverte à la variation de l’utilisateur dans les descriptions utilisées pour les organismes vus. En raison de leur forme  » intermédiaire  » (ni coccoïde ni bacillaire) et du pléomorphisme qui se produit souvent, les organismes de nature cocci-bacillaire sont souvent sujets à une variation descriptive selon la personne qui les décrit.

Tests de laboratoire supplémentaires disponibles :

• Lorsqu’une méningite est suspectée, du sang peut être envoyé pour une PCR méningocoque/pneumocoque
• Lorsqu’une arthrite septique est suspectée, un aspirat de liquide synovial doit être obtenu et envoyé pour . MC&S
• En l’absence de croissance sur une culture ultérieure, une PCR 16s pour l’ADN bactérien peut être réalisée afin d’identifier l’organisme (sur discussion avec la microbiologie)

Limites du test :
Les taches grammaticales des flacons d’hémoculture positifs ne fournissent que des indications provisoires. Elles ne permettent pas d’identifier précisément les organismes ni de connaître les susceptibilités, ces deux éléments reposant sur la culture. Certains organismes gram négatifs peuvent résister à la décoloration lors du processus de coloration et, à ce titre, peuvent être confondus avec des organismes gram positifs, tandis que les organismes gram positifs peuvent parfois être surdécolorés et être confondus avec des gram négatifs.

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Traitement antimicrobien

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Tableau 1 : Diagnostics cliniques associés à une bactériémie à GNCB et liens vers les directives antimicrobiennes.
Diagnostics cliniques	Diagnostic bactériologique probable	Traitement empirique
Méningite (+/-… Septicémie)	Neisseria Haemophilus	Voir directive appropriée
Endocardite infectieuse	Organismes HACEK	Voir directive appropriée
Arthrite septique (particulièrement chez les enfants)	Kingella, Haemophilus	Consulter la directive
Epiglottite	Haemophilus	Consulter la directive
Infections de la peau &des tissus mous associées aux morsures d’animaux&. molles associées aux morsures d’animaux	Pasturella	Voir ligne directrice appropriée
Sépisie puerpérale	Haemophilus	Discuter avec la microbiologie au besoin
Pneumonie	Haemophilus Moraxella	Voir la directive appropriée
Infections de la ligne	Acinetobacter	Voir les directives appropriées

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