Introduction

Pour calculer le taux de mortalité, nous avons besoin :

1. du nombre de cas réels. Nous devons connaître le nombre de cas réels (et pas seulement les cas déclarés, qui ne représentent généralement qu’une petite partie des cas réels) qui ont déjà eu une issue (positive ou négative : guérison ou décès), et non les cas actuels qui doivent encore être résolus (l’échantillon de cas doit contenir zéro cas actif et ne comprendre que des cas « fermés »).
2. Le nombre de décès réels liés aux cas fermés examinés ci-dessus.

Considérant qu’un grand nombre de cas sont asymptomatiques (ou présentent des symptômes très légers) et que les tests n’ont pas été effectués sur toute la population, seule une fraction de la population infectée par le SRAS-CoV-2 est détectée, confirmée par un test de laboratoire et officiellement déclarée comme un cas COVID-19. On estime donc que le nombre de cas réels est plusieurs fois supérieur au nombre de cas déclarés. Le nombre de décès a également tendance à être sous-estimé, car certains patients ne sont pas hospitalisés et ne sont pas testés.

Si nous basons notre calcul (décès / cas) sur le nombre de cas déclarés (plutôt que sur les cas réels), nous surestimerons largement le taux de mortalité.

Taux de mortalité basé sur les cas et les décès réels de la ville de New York

Le Worldometer a analysé les données fournies par la ville de New York, l’étude sur les anticorps de l’État de New York et l’analyse des décès excédentaires par le CDC. En combinant ces 3 sources, nous pouvons en déduire l’estimation la plus précise à ce jour sur le taux de mortalité pour le COVID-19, ainsi que le taux de mortalité par groupe d’âge et par condition sous-jacente. Ces résultats peuvent être valables pour la ville de New York et pas nécessairement pour d’autres endroits (zones suburbaines ou rurales, autres pays, etc.), mais ils représentent les meilleures estimations à ce jour étant donné la coïncidence de ces 3 études.

Cas réels (1,7 million : 10 fois le nombre de cas confirmés)

L’État de New York a mené une étude sur les tests d’anticorps , montrant que 12,3% de la population de l’État avait des anticorps COVID-19 au 1er mai 2020. L’étude a permis d’établir un taux d’infection de base en testant 15 103 personnes dans des épiceries et des centres communautaires de l’État au cours des deux semaines précédentes. L’étude fournit une ventilation par comté, par race (blanc 7 %, asiatique 11,1 %, multi/non/autre 14,4 %, noir 17,4 %, latino/hispanique 25,4 %) et par âge, entre autres variables. 19,9% de la population de la ville de New York avait des anticorps anti-Covid-19. Avec une population de 8 398 748 personnes dans la ville de New York, ce pourcentage indiquerait que 1 671 351 personnes ont été infectées par le SRAS-CoV-2 et se sont rétablies au 1er mai dans la ville de New York. Le nombre de cas confirmés signalés au 1er mai par la ville de New York était de 166 883 , soit plus de 10 fois moins.

Décès réels (23 000 : presque deux fois le nombre de décès confirmés)

Au 1er mai, la ville de New York a signalé 13 156 décès confirmés et 5 126 décès probables (décès avec COVID-19 sur le certificat de décès mais aucun test de laboratoire effectué), soit un total de 18 282 décès . Le 11 mai, les CDC ont publié leur « Preliminary Estimate of Excess Mortality During the COVID-19 Outbreak – New York City, March 11-May 2, 2020 », dans lequel ils ont calculé une estimation des décès réels dus au COVID-19 dans la ville de New York en analysant les « décès excédentaires » (définis comme « le nombre de décès dépassant les niveaux de base saisonniers attendus, quelle que soit la cause déclarée du décès ») et ont constaté que, en plus des décès confirmés et probables signalés par la ville, il y avait environ 5 293 décès supplémentaires à attribuer. Après ajustement pour le jour précédent (1er mai), nous obtenons 5 148 décès supplémentaires, pour un total de décès réels de 13 156 confirmés + 5 126 probables + 5 148 décès supplémentaires en excès calculés par les CDC = 23 430 décès réels COVID-19 au 1er mai 2020 dans la ville de New York.

Taux de mortalité par infection (23k / 1,7M = 1.4 % IFR)

Cas réels avec une issue au 1er mai = estimation des cas réels guéris (1 671 351) + estimation des décès réels (23 430) = 1 694 781.

Taux de fatalité de l’infection (IFR) = Décès / Cas = 23 430 / 1 694 781 = 1,4 % (1,4 % des personnes infectées par le SRAS-CoV-2 ont une issue fatale, tandis que 98,6 % se rétablissent).

Taux de mortalité (23k / 8,4M = 0,28% CMR à ce jour) et probabilité de mourir

Au 1er mai, on estime que 23 430 personnes sont décédées sur une population totale de 8 398 748 personnes à New York. Cela correspond à un taux brut de mortalité de 0,28 % à ce jour, soit 279 décès pour 100 000 habitants, ou un décès toutes les 358 personnes. Notez que le taux brut de mortalité continuera d’augmenter à mesure que les infections et les décès se multiplieront (voir les notes sous le paragraphe « Immunité collective » ci-dessous pour plus de détails).

Taux de mortalité par âge

Voir aussi : Taux de mortalité par âge et par sexe des patients COVID-19

En analysant la répartition des décès par âge et par condition , nous pouvons observer comment, sur 15 230 décès confirmés dans la ville de New York jusqu’au 12 mai, seuls 690 (4,5% de tous les décès) sont survenus chez des patients de moins de 65 ans qui n’avaient pas de condition médicale sous-jacente (ou pour lesquels on ne sait pas s’ils avaient ou non une condition sous-jacente).

Les maladies sous-jacentes comprennent le diabète, les maladies pulmonaires, le cancer, l’immunodéficience, les maladies cardiaques, l’hypertension, l’asthme, les maladies rénales, les maladies gastro-intestinales/du foie et l’obésité

Moins de 65 ans (0,09% CMR à ce jour)

85.9% de la population (7 214 525 personnes sur 8 398 748) de la ville de New York a moins de 65 ans selon le Bureau du recensement des États-Unis, qui indique que le pourcentage de personnes âgées de 65 ans et plus dans la ville de New York est de 14,1% .

Nous ne savons pas quel pourcentage de la population de ce groupe d’âge a une condition sous-jacente, donc à l’heure actuelle, nous ne sommes pas en mesure d’estimer avec précision le taux de mortalité pour les moins de 65 ans et en bonne santé.

Mais nous pouvons le calculer pour l’ensemble de la population de moins de 65 ans (en bonne santé et non en bonne santé) : avec 6 188 décès (26% du total des décès dans tous les groupes d’âge) survenus dans ce groupe d’âge, dont 5 498 décès (89%) chez des patients avec une condition sous-jacente connue, le taux brut de mortalité à ce jour correspondra à 6 188 / 7 214 525 = 0.09% CMR, soit 86 décès pour 100 000 habitants (contre 0,28% et 279 décès pour 100 000 pour la population générale).

À ce jour, il y a eu 1 décès toutes les 1 166 personnes de moins de 65 ans (contre 1 décès toutes les 358 personnes dans la population générale). Et 89% des fois, la personne décédée avait une ou plusieurs conditions médicales sous-jacentes.

NOTE : Nous recueillons et analysons des données supplémentaires afin de fournir plus d’estimations par groupe d’âge.

Immunité de troupeau et taux de mortalité brut final

Le taux de mortalité brut n’est pas vraiment applicable pendant une épidémie en cours.

Et pour atteindre l’immunité de troupeau pour le COVID-19 et mettre fin efficacement à l’épidémie, environ deux tiers (67%) de la population devraient être infectés. Au 1er mai, la ville de New York est à 20 %, selon les résultats de l’étude sur les anticorps.

Donc, le taux brut de mortalité a le potentiel de plus que tripler par rapport à notre estimation actuelle, atteignant près de 1 000 décès pour 100 000 habitants (1 % CMR), et près de 300 pour 100 000 (0,3 % CMR) dans la population de moins de 65 ans, 89 % de ces décès (267 sur 300) survenant chez des personnes ayant une condition médicale sous-jacente connue (y compris l’obésité).

Récit historique des estimations initiales

Estimation du taux de mortalité de 3,4% par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) au 3 mars

Dans ses remarques préliminaires lors du point de presse du 3 mars sur le Covid-19, le directeur général de l’OMS, le Dr Tedros Adhanom Ghebreyesus, a déclaré :

« Au niveau mondial, environ 3,4 % des cas de COVID-19 signalés sont décédés. En comparaison, la grippe saisonnière tue généralement beaucoup moins de 1% des personnes infectées. »

L’estimation initiale était de 2%

Dans un premier temps, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) avait mentionné 2% comme estimation du taux de mortalité lors d’une conférence de presse le mercredi 29 janvier, puis le 10 février. Cependant, le 29 janvier, l’OMS a précisé qu’il s’agissait d’une estimation très précoce et provisoire qui pouvait avoir changé. La surveillance augmentait, en Chine mais aussi au niveau mondial, mais à l’époque, il était dit que :

Taux de mortalité au 20 février en Chine (conclusions du rapport de la mission conjointe OMS-Chine)

Le rapport de la mission conjointe OMS-Chine publié le 28 février par l’OMS est basé sur 55 924 cas confirmés en laboratoire. Le rapport note que « la mission conjointe reconnaît les défis et les biais connus de la déclaration des CFR bruts au début d’une épidémie » (voir aussi notre discussion sur : Comment calculer le taux de mortalité pendant une épidémie). Voici ses conclusions sur le ratio de fatalité des cas, ou CFR :

« Au 20 février, 2 114 des 55 924 cas confirmés en laboratoire sont décédés (ratio brut de fatalité

La mission conjointe a noté que la norme de soins a évolué au cours de l’épidémie.

Taux de mortalité, tel que discuté par la Commission nationale de la santé (NHC) de Chine le 4 février

Interrogé lors d’une conférence de presse le 4 février sur ce qu’est le taux de mortalité actuel (ou taux de létalité, CFR), un responsable de la NHC de Chine a déclaré que :

Une étude préliminaire fournissant une estimation provisoire de 3% pour le taux de létalité

Une étude préliminaire publiée sur The Lancet le 24 janvier a fourni une première estimation de 3% pour le taux global de létalité. Nous présentons ci-dessous un extrait (les surlignements ont été ajoutés pour les données et observations pertinentes):

Sur les 41 patients de cette cohorte, 22 (55%) ont développé une dyspnée sévère et 13 (32%) ont dû être admis dans une unité de soins intensifs, et six sont décédés.

Donc, la proportion de létalité dans cette cohorte est d’environ 14,6%, et la proportion globale de létalité semble être plus proche de 3%.

Cependant, ces deux estimations doivent être traitées avec une grande prudence car tous les patients n’ont pas terminé leur maladie (c’est-à-dire qu’ils se sont rétablis ou sont décédés) et le nombre réel d’infections et le spectre complet de la maladie sont inconnus.

Important, dans les épidémies d’infections virales émergentes, le ratio cas-mortalité est souvent surestimé dans les premiers stades parce que la détection des cas est fortement biaisée vers les cas les plus graves.

A mesure que d’autres données sur le spectre de l’infection légère ou asymptomatique deviennent disponibles, dont un cas a été documenté par Chan et ses collègues, le ratio de létalité est susceptible de diminuer.

Néanmoins, on estime que la pandémie de grippe de 1918 a eu un ratio de létalité de moins de 5% mais a eu un impact énorme en raison de la transmission généralisée, il n’y a donc pas de place pour l’autosatisfaction.

Une nouvelle épidémie de coronavirus de préoccupation sanitaire mondiale – Chen Wang et al, The Lancet. 24 janvier 2020

Le taux de létalité peut également changer car un virus peut muter, selon les épidémiologistes.

Taux de décès parmi les patients admis à l’hôpital

Une étude sur 138 patients hospitalisés avec une infection 2019-nCoV, publiée le 7 février sur JAMA, a révélé que 26% des patients ont dû être admis à l’unité de soins intensifs (USI) et 4,3% sont décédés, mais un certain nombre de patients étaient encore hospitalisés à ce moment-là.

Une étude précédente avait constaté que, sur 41 patients hospitalisés, 13 (32%) patients ont été admis dans une USI et six (15%) sont décédés.

Jours entre le premier symptôme et le décès

L’étude de Wang et al. 7 février publiée sur JAMA a révélé que le temps médian entre le premier symptôme et la dyspnée était de 5,0 jours, l’admission à l’hôpital était de 7,0 jours et le SDRA était de 8,0 jours.

Préalablement. la Commission nationale de la santé de Chine a rapporté les détails des 17 premiers décès jusqu’à 24 heures le 22 janvier 2020. Une étude de ces cas a révélé que les jours médians entre le premier symptôme et le décès étaient de 14 (intervalle 6-41) jours, et avaient tendance à être plus courts chez les personnes de 70 ans ou plus (11.5 jours) que ceux dont l’âge est inférieur à 70 ans (20 jours.

Séjour hospitalier médian

L’étude JANA a révélé que, parmi les personnes sorties vivantes, le séjour hospitalier médian était de 10 jours.

Comparaison avec d’autres virus

À titre de comparaison, le taux de létalité de la grippe saisonnière aux États-Unis est inférieur à 0,1% (1 décès pour 1 000 cas).

Le taux de létalité du SRAS était de 10%, et celui du MERS de 34%.

Comment calculer le taux de mortalité pendant une épidémie

À l’heure actuelle, il est tentant d’estimer le taux de létalité en divisant le nombre de décès connus par le nombre de cas confirmés. Le nombre résultant ne représente cependant pas le véritable taux de létalité et pourrait être décalé de plusieurs ordres de grandeur
Une estimation précise du taux de létalité est donc impossible à l’heure actuelle.

2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV) : estimation du taux de létalité – un mot de prudence – Battegay Manue et al, Swiss Med Wkly, 7 février 2020

Le taux de létalité (CFR) représente la proportion de cas qui finissent par mourir d’une maladie.

Une fois l’épidémie terminée, il est calculé avec la formule : décès / cas.

Mais lorsqu’une épidémie est toujours en cours, comme c’est le cas avec l’épidémie actuelle de nouveau coronavirus, cette formule est, pour le moins, « naïve » et peut être « trompeuse si, au moment de l’analyse, l’issue est inconnue pour une proportion non négligeable de patients. »

En d’autres termes, les décès actuels appartiennent à un chiffre total de cas du passé, et non au chiffre de cas actuel dans lequel l’issue (guérison ou décès) d’une proportion (les cas les plus récents) n’a pas encore été déterminée.

La formule correcte, par conséquent, semblerait être :

CFR = décès au jour.x / cas au jour.x-{T}
(où T = période moyenne entre la confirmation du cas et le décès)

Cela constituerait une tentative équitable d’utiliser des valeurs pour les cas et les décès appartenant au même groupe de patients.

Un problème peut être celui de déterminer s’il y a suffisamment de données pour estimer T avec une certaine précision, mais ce n’est certainement pas T = 0 (ce qui est implicitement utilisé lorsqu’on applique la formule décès actuels / cas actuels pour déterminer le CFR pendant une épidémie en cours).

Prenons, par exemple, les données à la fin du 8 février 2020 : 813 décès (total cumulé) et 37 552 cas (total cumulé) dans le monde.

Si nous utilisons la formule (décès / cas), nous obtenons :

813 / 37 552 = 2,2% de CFR (formule défectueuse).

Avec une estimation prudente de T = 7 jours comme période moyenne entre la confirmation du cas et le décès, nous corrigerions la formule ci-dessus en utilisant les cas cumulés du 1er février, qui étaient de 14 381, au dénominateur :

Feb. 8 décès / cas du 1er février = 813 / 14 381 = 5,7% CFR (formule correcte, et estimation de T=7).

T pourrait être estimé en regardant simplement la valeur de (total actuel des décès + total actuel des cas récupérés) et en l’appariant avec un total de cas dans le passé qui a la même valeur. Pour la formule ci-dessus, les dates correspondantes seraient les 26/27 janvier, ce qui donne une estimation de T de 12 à 13 jours. Cette méthode d’estimation de T utilise la même logique que la méthode suivante, et donnera donc le même résultat.

Une méthode alternative, qui a l’avantage de ne pas avoir à estimer une variable, et qui est mentionnée dans l’étude de l’American Journal of Epidemiology citée précédemment comme une méthode simple qui pourrait néanmoins fonctionner raisonnablement bien si les risques de décès et de rétablissement à tout moment t mesuré à partir de l’admission à l’hôpital, conditionnellement à un événement survenant au moment t, sont proportionnels, serait d’utiliser la formule :

CFR = décès / (décès + guérison)

qui, avec les dernières données disponibles, serait égale à :

2 756 679 / (2 756 679 + 101 288 750) = 3% CFR (dans le monde)

Si nous excluons maintenant les cas en Chine continentale, en utilisant les données actuelles sur les décès et les cas guéris, nous obtenons :

2 752 043 / (2 752 043 + 101 203 415) = 2,6% CFR (hors Chine continentale)

La taille de l’échantillon ci-dessus est limitée et les données pourraient être inexactes (par exemple, le nombre de récupérations dans les pays hors Chine pourrait être en retard dans notre collecte de données provenant de nombreuses sources, alors que le nombre de cas et de décès est plus facilement disponible et donc généralement plus à jour).

Il y avait une divergence dans les taux de mortalité (avec un taux de mortalité beaucoup plus élevé en Chine) qui ne se confirme cependant pas car l’échantillon de cas hors Chine augmente en taille. Au contraire, il est désormais plus élevé en dehors de la Chine qu’à l’intérieur.

Cette divergence initiale s’explique généralement par un taux de détection des cas plus élevé en dehors de la Chine, en particulier en ce qui concerne Wuhan, où la priorité a dû être initialement accordée aux cas graves et critiques, étant donné l’urgence en cours.

Les cas non signalés auraient pour effet de diminuer le dénominateur et de gonfler le CFR au-dessus de sa valeur réelle. Par exemple, en supposant un total de 10 000 cas non signalés à Wuhan et en les rajoutant à la formule, on obtiendrait un CFR de 2,6 % (bien différent du CFR de 3 % basé strictement sur les cas confirmés).

Neil Ferguson, expert en santé publique à l’Imperial College au Royaume-Uni, a déclaré que sa « meilleure estimation » était qu’il y avait 100 000 personnes touchées par le virus, même s’il n’y avait que 2 000 cas confirmés à l’époque.

Sans aller aussi loin, la possibilité d’un nombre non négligeable de cas non déclarés dans les premiers temps de la crise devrait être prise en compte lorsqu’on essaie de calculer le taux de cas mortels.

Au fur et à mesure que les jours passent et que la ville organise ses efforts et construit les infrastructures, la capacité à détecter et à confirmer les cas s’améliore. Au 3 février, par exemple, la capacité d’analyse de l’acide nucléique du nouveau coronavirus deWuhan était passée à 4 196 échantillons par jour, contre 200 échantillons au départ.

On peut également observer un écart important dans le taux de mortalité des cas en comparant les taux de mortalité calculés et rapportés par le China NHC : un CFR de 3,1% dans la province de Hubei (où se trouve Wuhan, avec la grande majorité des décès), et un CFR de 0,16% dans les autres provinces (19 fois moins).

Enfin, nous nous souviendrons qu’alors que l’épidémie de SRAS de 2003 était encore en cours, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) a rapporté un taux de létalité de 4% (ou aussi bas que 3%), alors que le taux de létalité final a fini par être de 9.6%.

Coronavirus Sections du Worldometer:

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