La sclérose hippocampique (SH) ou sclérose de la corne d’Ammon consiste en une perte de neurones dans le noyau denté et la couche pyramidale de l’hippocampe avec une gliose variable. Quatre types de HS sont reconnus, le plus courant impliquant les sous-champs CA4 (folium terminal) et CA1 (secteur de Sommer) de la couche pyramidale. Ces lésions provoquent un rétrécissement de l’hippocampe qui peut être détecté par IRM. En plus des crises, l’HS est observée chez une proportion significative de patients atteints de la maladie d’Alzheimer et d’autres démences.

La pathogénie de cette lésion fait l’objet d’un débat « la poule ou l’œuf » depuis plus de 100 ans. Certains auteurs proposent que l’HS soit la cause des crises et d’autres qu’elle soit le résultat des crises. Les partisans du premier point de vue soutiennent que l’hippocampe est endommagé dès le début de la vie par des lésions à la naissance, des crises fébriles compliquées et d’autres événements, et que ces dommages le rendent vulnérable aux crises. Contrairement au néocortex, l’hippocampe continue à se développer après la naissance et est plus vulnérable à de telles agressions. Dans certains cas de TLE, il existe des antécédents de crises fébriles et d’autres agressions, mais dans la plupart des cas, aucun antécédent de ce type ne peut être évoqué. D’autre part, l’idée que l’HS est secondaire à des crises, en particulier à l’état de mal épileptique, bénéficie d’un fort soutien. L’expérimentation animale et les observations chez l’homme montrent que même une seule crise peut provoquer des lésions neuronales et que ces lésions peuvent survenir sans convulsions, sont cumulatives et sont en corrélation avec la durée et la gravité de l’anomalie électrique. L’HS est également observée chez les patients qui ont des crises résultant de tumeurs cérébrales, de dysplasies corticales et d’autres lésions cérébrales. Cependant, certains patients présentant des crises et un état épileptique ne présentent pas d’HS.