Darius meurt en 486 av. J.-C. et est remplacé par son fils Xerxès, qui avait réprimé la rébellion en Égypte et s’était installé en Grèce. La tempête fit s’écrouler deux ponts construits sur l’Hellespont (Dardanelles). Puis Xerxès ordonna de fouetter la mer et de décapiter les ingénieurs. Là avaient été construits de nouveaux ponts à pontons par lesquels les Perses, en 480 av. J.-C., se déplaçaient vers les Balkans. La marine perse se déplaçait parallèlement à l’armée.
Après une bataille de Marathon à Athènes, pendant quelques années, une lutte politique entre Miltiades, Xanthippus, Aristides et Thémistocle a été menée. Les Athéniens savent que les Perses se préparent à une nouvelle marche et doivent préparer leur défense, mais ne savent pas comment. Le mot principal pour envisager le type de défense était Thémistocle et Aristides. Thémistocle était un stratège à Marathon, et préconisait la création de la marine, tandis que le chef des propriétaires terriens Aristides était pour l’équipement de l’infanterie lourde. Le vainqueur fut Thémistocle qui avait été soutenu par les marins, marchands et hommes d’affaires attiques qui étaient pour un progrès général plus avancé de la marine. Aristide fut par ostracisme envoyé en exil.
En plus des Athéniens, les autres Grecs se préparaient à attaquer les Perses. 481 av. J.-C. des représentants de 31 de la cité s’étaient réunis à l’isthme de Corinthe et ils décidèrent de s’unir et de défendre la Grèce. Toutes les cités béotiennes, à l’exception de Platée, et toutes les Thessaliennes étaient avec les Perses. De nombreuses cités grecques restent neutres. Les Spartiates et les Athéniens prirent la direction des Grecs unis.
Bataille des Thermopyles
En juin 480 av. J.-C., l’armée et la marine perses partirent du golfe de Thessalonique en passant par la Thessalie vers le sud. L’armée a dû passer par la gorge des Thermopyles, où les Perses ont rencontré l’escouade des Péloponnésiens, dirigée par le roi spartiate Leonidas. Les Grecs ont longtemps résisté à la supériorité des Perses et les ont tenus tant qu’ils n’étaient pas encerclés par les Perses par l’arrière. Les Grecs s’étaient retirés tandis que les Spartiates restaient et mouraient héroïquement (épitaphe des Thermopyles : Ô étranger, dis aux Lacédémoniens que nous reposons ici, en croyant à leurs paroles). Les héros des Thermopyles ont été sacrifiés pour l’autre, car ils ont permis l’évacuation des Athéniens et la division des militaires.
Bataille d’Artémise
La marine grecque dirigée par Eurybiade s’oppose aux Perses à la pointe nord de l’Eubée Artémise. Cette bataille fut menée avec une fortune changeante. Les Grecs ont réussi à maintenir les Perses, mais après que Léonidas ait dit qu’il avait perdu, les Grecs ont battu en retraite vers le sud.
Bataille de Salamine
Xerxès est entré en Grèce par les Thermopyles. La population d’Athènes s’était déjà réfugiée à Athènes, à Égine et à Troezen grâce à la marine, qui s’était retirée de la bataille d’Artémisia. En septembre 480 av. les Perses entrent dans Athènes, la dévastent et la brûlent. La marine perse a navigué dans Phalère.
À la fin du mois de septembre, il y eut une grande bataille sur la mer à l’île de Salamine. Là, les trirèmes grecques ont habilement manœuvré autour des énormes navires perses, qui ne pouvaient pas être mis en place pour combattre dans le canal entre Salamis et la côte. Le plus grand mérite de cette victoire revient à Thémistocle, qui mena la bataille et préconisa la construction d’une marine. Les Perses à Salamine ont perdu de nombreux navires qui servaient de soutien à leurs forces terrestres, notamment à cause du ravitaillement. Xerxès, qui assistait à la bataille de Salamine depuis le rivage, fut contraint de retirer son armée en Asie. Il laissa en Thessalie quelques milliers de troupes dirigées par Mardonius.
Bataille de Platée
Mardonius tenta très habilement par-dessus le roi macédonien Alexandre Ier de conclure un accord avec les Athéniens, mais sans succès. Au printemps de 479. J.-C., de Thessalie, Mardonius rejoint la Béotie où ses alliés thébains l’acceptent, et de là, il entre en Attique. Les Athéniens furent à nouveau déplacés et les Perses rentrèrent dans l’Attique. Les Athéniens, les Platéens et de nombreux Péloponnésiens s’étaient unis et avaient attaqué les Perses à Platée, en Béotie, en août 479 avant Jésus-Christ. Les Grecs sous le commandement du Spartiate Pausanias ont vaincu les Perses, et Mardonius a été tué dans la bataille.
Bataille de Mycale
Cette bataille a eu lieu en août en 479 avant JC. (Sur certaines versions au même jour que la bataille de Platée). La marine grecque en Asie Mineure au point Mycale avait battu les Perses. Après cela, la marine grecque s’est retirée sur Samos. Les Spartiates se retirent tandis que les Athéniens continuent la guerre contre les Perses. Au printemps 478 av. J.-C., ils prennent la Sestos sur l’Hellespont. Ils terminent ainsi les guerres gréco-perses sur le sol européen. Les Grecs sous les Athéniens passèrent à la contre-attaque et les Grecs d’Asie Mineure commencèrent à se libérer de la domination perse.