La Guerra Civil acabó con la economía de las plantaciones y Sapelo se convirtió en el hogar de una gran comunidad afroamericana durante la Reconstrucción y el periodo posterior a la guerra. La compañía William Hillery, una sociedad de libertos, compró tierras en Raccoon Bluff ya en 1871. Con el tiempo, muchos de los antiguos esclavos compraron tierras en Sapelo y establecieron asentamientos permanentes, como Hog Hammock, Raccoon Bluff, Shell Hammock, Belle Marsh y Lumber Landing. La primera iglesia bautista africana se organizó en 1866 en Hanging Bull, y con el tiempo se trasladó a Raccoon Bluff, donde también hubo una escuela para negros. Los negros de Sapelo se dedicaban a la agricultura de subsistencia, la explotación maderera y la recolección de ostras en el estuario del río Duplin. La mayor parte de Sapelo fue vendida por los descendientes de Spalding después de la Guerra Civil.

En 1912, el ingeniero automotriz de Detroit Howard E. Coffin (1873-1937) consolidó las diversas propiedades de Sapelo y compró toda la isla, excepto las comunidades negras, por 150.000 dólares. Coffin fue propietario de Sapelo durante veintidós años. Reconstruyó la mansión del extremo sur para convertirla en una de las casas más palaciegas de la costa entre 1922 y 25, siendo ésta una estructura de estuco atigrado construida originalmente por Spalding en 1810. Coffin se dedicó a la agricultura a gran escala, al aserrado y a la recolección de marisco. También construyó carreteras, perforó pozos artesianos y realizó otras mejoras en la isla. Muchos visitantes distinguidos fueron huéspedes de los Coffin en Sapelo, incluidos dos presidentes, Calvin Coolidge (1928) y Herbert Hoover (1932), y el aviador Charles A. Lindbergh (1929). Durante este período, Coffin y su joven primo, Alfred W. Jones, establecieron el complejo turístico Cloister en la cercana Sea Island.

En 1934, debido a los reveses financieros provocados por la Depresión, Coffin vendió Sapelo al heredero de la tabacalera de Carolina del Norte Richard J. Reynolds, Jr. (1906-1964). Reynolds utilizó la isla como residencia a tiempo parcial durante treinta años. La contribución más importante de Reynolds fue el establecimiento de la Fundación de Investigación de la Isla Sapelo y la provisión de las instalaciones y otros apoyos para el Instituto Marino de la Universidad de Georgia, iniciado en 1953. La viuda de Reynolds, Annemarie Schmidt Reynolds, vendió Sapelo al estado de Georgia en dos transacciones distintas en 1969 y 1976, la última de las cuales dio lugar a la creación de la Reserva Nacional de Investigación Estuarina de la Isla Sapelo, una asociación estatal-federal entre el Departamento de Recursos Naturales de Georgia y la Administración Nacional Oceánica y Atmosférica.