El ejército transfirió Alcatraz a la Oficina Civil de Prisiones (BOP) en 1934. La BOP convirtió rápidamente la vetusta prisión militar en un centro penitenciario civil de máxima seguridad y de última generación. Alcatraz se convertiría en poco tiempo en la prisión federal más famosa de la historia de los Estados Unidos.
Alcatraz se diseñó para ser el primer centro penitenciario de máxima seguridad y mínimo privilegio de Estados Unidos, lo que hoy se conoce como una institución de «supermáxima». De 1934 a 1963, Alcatraz albergó a algunos de los delincuentes más conocidos de Estados Unidos, artistas de la fuga, líderes de bandas y alborotadores en general. Fueron recluidos en las condiciones más seguras y regimentadas, en un entorno prácticamente a prueba de fugas en una isla rocosa en medio de la bahía de San Francisco. Para los hombres enviados allí, Alcatraz era el final del camino.
Alcatraz era a veces llamada la «prisión dentro del sistema penitenciario», ya que los únicos reclusos enviados allí eran trasladados desde otras prisiones federales. Los tribunales no podían condenar a nadie a Alcatraz. En cambio, «La Roca» era el lugar al que el BOP enviaba a sus presos más problemáticos hasta que se decidía que podían ser devueltos con seguridad a una institución de menor seguridad. La estancia media era de cinco años.
Durante el período en que funcionó la penitenciaría federal, 36 presos participaron en 14 intentos de fuga distintos. Veintitrés hombres fueron capturados, seis fueron asesinados a tiros y dos se ahogaron. Cinco convictos desaparecieron y nunca se les volvió a ver, pero lo más probable es que se ahogaran y que sus cuerpos nunca se recuperaran.
A principios de 1963, el Fiscal General Robert Kennedy ordenó el cierre de la Penitenciaría de Alcatraz alegando el aumento de los costes de mantenimiento y funcionamiento. Los últimos convictos fueron sacados de la isla el 21 de marzo de 1963. Cuando la isla cerró, fue sustituida por una nueva prisión federal de máxima seguridad en Marion, Illinois.
Hoy en día, la institución «supermáxima» del gobierno se encuentra en Florence, Colorado. Su apodo no oficial es «Alcatraz de las Rocosas».
Para obtener más información sobre la Penitenciaría de Estados Unidos en Alcatraz, visite el sitio web oficial de la Oficina de Prisiones en BOP Alcatraz history.