La estructura del gobierno puertorriqueño es similar a la de Estados Unidos, con poderes ejecutivo, legislativo y judicial. La isla tiene un gobernador y un comisionado residente que tiene un escaño sin derecho a voto en la Cámara de Representantes de los Estados Unidos. El gobernador, el Senado de 28 escaños y la Cámara de Representantes de 54 son elegidos popularmente para mandatos de 4 años. Los miembros del Tribunal Supremo y de los tribunales inferiores son nombrados por el gobernador con el consentimiento del Senado.

Los 4 principales partidos políticos difieren principalmente en sus opiniones sobre si Puerto Rico debe cambiar su relación con Estados Unidos. El Partido Nuevo Progresista, que está a favor de la estadidad, enfatiza que la isla ya depende económicamente de los Estados Unidos y cree que convertir la isla en un estado le haría ganar representación en Washington. El Partido Popular Democrático hace hincapié en los incentivos económicos de los que goza la isla en virtud de su estatus de Estado Libre Asociado, incluida la exención de impuestos federales y los incentivos a la inversión extranjera. Los otros dos partidos principales, el Partido Independentista Puertorriqueño y el Partido Socialista Puertorriqueño, abogan por la independencia del estado insular. Estos últimos partidos son mucho más pequeños y menos significativos.

El gobierno de Puerto Rico está muy involucrado en su economía. Fomento, la Corporación de Desarrollo Económico de la isla, estimula y guía el crecimiento económico. Desde la década de 1950, la participación del gobierno en los asuntos económicos ha incluido la Operación Bootstrap, un plan para mezclar la mano de obra local y la inversión extranjera impulsando la industrialización basada en las exportaciones; los esfuerzos de Fomento para promover las industrias petroquímicas y de tecnología avanzada en la década de 1960; y el alto gasto del gobierno en programas de bienestar social. En 1994, el gobierno creó la Junta de Comercio Exterior para estimular la inversión extranjera y fomentar las exportaciones. La junta se ocupaba principalmente de prestar apoyo a las pequeñas empresas que tenían el potencial de exportar bienes a los mercados extranjeros. La de Puerto Rico fue la primera economía del mundo que se industrializó en torno a un programa que dependía totalmente de las exportaciones, y Puerto Rico sigue centrando sus esfuerzos en una economía para la exportación, reforzando su imagen como lugar ideal para el turismo y los negocios.

Al no tener representación oficial en el gobierno de Estados Unidos, los ciudadanos puertorriqueños de la isla no pagan impuestos federales, aunque sí disfrutan de la ciudadanía estadounidense. Los impuestos aduaneros y los impuestos al consumo sobre las importaciones y exportaciones van al tesoro federal. La isla también cuenta con programas de bienestar social similares a los de Estados Unidos. Hoy más que nunca, el gobierno estadounidense desempeña un papel importante en la economía de Puerto Rico, a través de incentivos y exenciones fiscales, acceso libre de impuestos e incentivos salariales y de infraestructuras que animan a las grandes empresas y corporaciones estadounidenses a invertir en la economía de la isla. Como Estado Libre Asociado de EE.UU., Puerto Rico sólo controla sus asuntos internos; el gobierno federal de EE.UU. controla todas las relaciones comerciales interestatales e internacionales. La isla no tiene ejército propio, por lo que, a diferencia de la situación en la mayor parte de América Latina, los militares no ejercen ningún control sobre la economía. El

El sistema fiscal de la isla es independiente del sistema fiscal de Estados Unidos, siendo el poder legislativo de este país el que decide cómo se gastan los ingresos fiscales.