Se han producido avances significativos en nuestro conocimiento de la descomposición de los ácidos grasos en las plantas desde la última vez que se revisó el tema de forma exhaustiva a principios de la década de 1990. Se han identificado muchos de los genes que codifican las enzimas de la β-oxidación peroxisomal de los ácidos grasos de cadena recta. Los enfoques genéticos bioquímicos en la planta modelo, Arabidopsis thaliana, han sido especialmente útiles no sólo para la identificación y caracterización funcional de los genes implicados en la β-oxidación de los ácidos grasos, sino también para establecer el papel de la β-oxidación en diferentes etapas del desarrollo de la planta. Los avances en nuestra comprensión del catabolismo de los aminoácidos de cadena ramificada han proporcionado pruebas convincentes de que las mitocondrias desempeñan un papel importante en este proceso. Este trabajo se discute en el contexto del largo debate sobre la localización subcelular de la β-oxidación de los ácidos grasos en las plantas. Un aspecto significativo de esta revisión es que ofrece la oportunidad de presentar un análisis exhaustivo de la secuencia completa del genoma de Arabidopsis para cada una de las diferentes familias de genes que se sabe que están involucradas en la β-, α- y ω-oxidación de los ácidos grasos en las plantas. Inevitablemente, este aumento de la información, además de proporcionar muchas respuestas también plantea muchas nuevas preguntas intrigantes, en particular en lo que respecta a la regulación y el papel fisiológico del catabolismo de los ácidos grasos a lo largo del ciclo de vida de las plantas superiores.