En agosto de 1983, Lara, quien pertenecía al Nuevo Liberalismo creado por él y Luis Carlos Galán, fue nombrado por el presidente Belisario Betancur como Ministro de Justicia, en reemplazo de Bernardo Gaitán Mahecha. Lara, junto con Galán, denunció públicamente a los cárteles de la droga, especialmente en Medellín, donde el cártel estaba dirigido por Escobar. Cuando Escobar fue elegido para el Congreso, Lara lo denunció, citando su conexión con los cárteles de la droga. Lara también denunció a Escobar y al cártel por influir en la política y el deporte mediante la corrupción. Esto desencadenó una trampa tendida por algunos políticos, narcotraficantes y periodistas que se vieron amenazados por el crecimiento explosivo de Lara en el gobierno y especialmente en la lucha contra el narcotráfico. Jairo Ortega, aliado de Escobar en el Congreso, presentó en la cámara un cheque (que finalmente se demostró que había sido falsificado), supuestamente girado por el conocido narcotraficante Evaristo Porras. Esto, además de una conversación grabada entre Lara y Porras, hizo que muchos cuestionaran la legitimidad de Lara. Sin embargo, el presidente Betancur desestimó las acusaciones y mantuvo a Lara en el cargo.
Después de que se desacreditara el supuesto vínculo entre Lara y los cárteles de la droga, el gobierno comenzó a descubrir los oscuros negocios del Cártel de Medellín, concretamente de Escobar. Escobar fue expulsado del Congreso y se le canceló el visado estadounidense. El ministro fue más allá, reactivando los cargos penales contra Escobar y otros capos de la droga, como Carlos Lehder. Lara también ordenó la incautación de cientos de aviones y propiedades que supuestamente se utilizaban para la producción y distribución de sustancias ilegales. Mientras el Congreso debatía la aprobación de un tratado de extradición con Estados Unidos, Escobar y sus aliados trataron de resolver sus problemas eliminando físicamente a Lara.