Orsakerna till alopecia areata är komplexa och inte väl kända. En kombination av faktorer ligger sannolikt till grund för sjukdomen, inklusive förändringar i många gener som fungerar i hår och hud och i immunsystemet.

Alopecia areata är en av en stor grupp sjukdomar i immunsystemet som klassificeras som autoimmuna sjukdomar. Normalt skyddar immunförsvaret kroppen mot främmande inkräktare, t.ex. bakterier och virus, genom att känna igen och attackera dessa inkräktare och rensa ut dem ur kroppen. Vid autoimmuna sjukdomar fungerar immunförsvaret dåligt och angriper i stället kroppens egna vävnader. Av oklara skäl riktar sig immunförsvaret vid alopecia areata mot hårsäckar, vilket stoppar hårväxten. Tillståndet skadar dock inte folliklarna permanent, vilket är anledningen till att håret senare kan växa igen.

Många av de gener som har förknippats med alopecia areata deltar i kroppens immunförsvar. Dessa inkluderar flera gener som tillhör en genfamilj som kallas HLA-komplexet (human leukocyte antigen). HLA-komplexet hjälper immunförsvaret att skilja kroppens egna proteiner från proteiner från främmande angripare. Varje HLA-gen har många olika varianter, vilket gör att varje persons immunförsvar kan reagera på ett stort antal främmande proteiner. Vissa variationer i HLA-gener bidrar sannolikt till det olämpliga immunsvar som riktar sig mot hårsäckar och som leder till alopecia areata. Immunförsvarets gener utanför HLA-komplexet, t.ex. flera gener som är involverade i inflammation, har också förknippats med alopecia areata.

En del av de genetiska variationer som förknippas med alopecia areata har identifierats hos personer med andra autoimmuna sjukdomar, vilket tyder på att denna grupp av sjukdomar kan dela vissa genetiska riskfaktorer. Personer med alopecia areata har en ökad risk att utveckla andra autoimmuna sjukdomar, inklusive vitiligo, systemisk lupus erythematosus, atopisk dermatit, allergisk astma och autoimmuna sköldkörtelsjukdomar (såsom Hashimoto-thyreoidit och Graves sjukdom). På samma sätt har personer med dessa autoimmuna sjukdomar en ökad risk att utveckla alopecia areata.

I många fall är det okänt vad som utlöser håravfallet hos personer med alopecia areata. Det är möjligt att miljöfaktorer, såsom känslomässig stress, fysisk skada eller sjukdom, framkallar ett onormalt immunsvar hos personer som är i riskzonen. Hos de flesta drabbade personer finns det dock ingen tydlig förklaring till att håravfallet börjar.