Brave Frontiers spelupplägg liknar Square Enix’ Valkyrie Profile. Handlingen fokuserar på den namnlösa sammankallaren och spelarna måste slutföra varje steg för att få tillgång till ett nytt område. Spelare får ta med sig upp till 5 enheter i varje steg med en ”vän-enhet” i quest-läget. Spelare får vänner genom vänförfrågan. Att attackera enheter i en strid belönar spelaren med Brave Burst Crystals och Heart Crystals. När en fiende har besegrats går spelaren vidare till nästa steg fram till bossen, som krävs för att slutföra en nivå. Efter att ha klarat av den belönas spelaren med Zel, Karma och föremål, samt att han eller hon förvärvar enheter från varje uppdrag. När spelarna slutför hela området belönas de med en ädelsten. Men om spelarna misslyckas med ett uppdrag använder de en ädelsten för att fortsätta. Enheter har förmågan att utföra specialattacker, så kallade Brave Bursts. När de aktiveras använder enheten en kraftfull attack. Brave Bursts kan också ge en ökning av hälsopoäng eller öka den totala statistiken för att få en fördel mot fiender. Super Brave Bursts kan också utföras men endast om enheten har en 6 Star Rank och maxat sin Brave Burst-mätare. En annan version, kallad Ultimate Brave Bursts, kan användas av 7-Star- och Omni Evolution-enheter efter att ha fyllt Overdrive-mätaren. Omni Evolution-enheterna kan anpassa sina förmågor, liksom tillägg till de effekter som ges av deras Brave Burst, Super Brave Burst och Ultimate Brave Burst genom Enhancements från sammansmältning av andra enheter till Omni Evolution-enheterna. Omni Evolution-enheter kan också göra Resonanser som kräver att två Omni Evolution-enheter med samma element gnistar med varandra.

Bortsett från uppdrag kan spelaren också smälta ihop enheter med de enheter som erhålls i varje uppdrag för att höja deras nivå. När en enhet nu är i sin maxnivå, är den nu kapabel att evolvera. Kraven för att utveckla berättigade enheter är olika. Varje enhet har också sin egen rangordning, där Omni Evolution är den högsta. Spelare kan få fler enheter genom Honor Summons och Rare Summons, de kräver att spelare använder ädelstenar och Honor Points för att kunna kalla på enheter. Spelare kan sälja enheter för zel eller utrusta dem med Spheres och med Gems genom mikrotransaktioner. Föremål kan också syntetiseras till användbara föremål, till exempel potions, tonics och revives. Spheres tillverkas också på samma sätt för att öka en enhets totala statistik. Staden tillhandahåller många föremål som används för dessa, vissa föremål måste erhållas genom fängelsehålor som klaras av spelaren. En annan sak är att staden kan tillhandahålla viktigare föremål om spelaren uppgraderar varje etablering med hjälp av karma.

Brave Frontier har händelseuppdrag som är tillgängliga inne i Vortex Gate, vilket gör det möjligt för spelare att få evolutionära enheter, Zel eller promotionella sällsynta enheter som inte finns i Rare Summons. Vissa dungeons, såsom Metal Parades, Jewel Parades och Imp Parades kräver nycklar för att låsa upp under en begränsad tid. In-Game Events finns i Vortex Gate, och spelarna belönas med en gratis enhet om de fullgörs. Spelare kan utmana varandra i arenan och vinna priser för att uppnå en viss rang. Spelet innehåller också Frontier Hunter-provningar som gör det möjligt för spelarna att höja sina Hunter-rankar, Raid Battles, en Slot Machine-funktion, minispel, dagliga uppdrag och Grand Quest.