Armén överförde Alcatraz till det civila Bureau of Prisons (BOP) 1934. BOP omvandlade snabbt det åldrande militärfängelset till ett toppmodernt civilt fängelse med högsta säkerhetsnivå. Alcatraz skulle inom kort bli det mest kända federala fängelset i USA:s historia.
Alcatraz utformades för att fungera som USA:s första fängelse med maximal säkerhet och minimiprivilegier, det som idag kallas för en ”super max”-institution. Från 1934 till 1963 inhystes på Alcatraz några av USA:s mest ökända brottslingar, rymningskonstnärer, gängledare och allmänna bråkmakare. De hölls under de säkraste och mest reglerade förhållanden, i en praktiskt taget rymningssäker miljö på en stenig ö mitt i San Francisco Bay. För de män som skickades dit var Alcatraz slutstationen.
Alcatraz kallades ibland för ”fängelse inom fängelsesystemet”, eftersom de enda fångar som skickades dit överfördes från andra federala fängelser. Domstolarna kunde inte döma någon till Alcatraz. Istället var ”The Rock” den plats där BOP skickade sina mest besvärliga fångar tills man beslutade att de på ett säkert sätt kunde återföras till en institution med lägre säkerhet. En genomsnittlig vistelse var fem år.
Under den period då det federala fängelset var i drift var 36 fångar inblandade i 14 separata rymningsförsök. Tjugotre män fångades, sex sköts och dödades och två drunknade. Fem fångar försvann och sågs aldrig mer, men de överväldigande oddsen är att de drunknade och att deras kroppar aldrig återfanns.
I början av 1963 beordrade justitieminister Robert Kennedy att Alcatraz-fängelset skulle stängas med hänvisning till ökande underhålls- och driftskostnader. De sista fångarna fördes bort från ön den 21 mars 1963. När ön stängdes ersattes den av ett nytt federalt fängelse med högsta säkerhet i Marion, Illinois.
I dag ligger regeringens ”super max”-anstalt i Florence, Colorado. Dess inofficiella smeknamn är ”Alcatraz of the Rockies”.
För mer information om U.S. Penitentiary on Alcatraz gå till den officiella webbplatsen för Bureau of Prisons på BOP Alcatraz history.